作者:陳崇斌/有勁生物科技

 

  次世代定序技術推出至今不過短短10年左右光景,便已經被廣泛應用在各個領域。此外,其文庫製備(library construction)上的方法有很豐富的多樣性,從最基本的RNA-Seq、DNA-seq到複雜度高的EpiRADseq等,涵蓋了幾乎所有分子生物學領域,包括genomics、transcriptomics、epigenetics,這是其它分子生物學技術望塵莫及的。光是NGS的方法估計就超過400種1,且種類還在持續增加中,只不過,目前還沒有一個系統化的命名法則。有勁生物科技成立至今已經邁入第八個年頭,幾乎每年都有客戶拿我們未曾聽聞過的NGS方法名稱提出諮詢,這對公司進行NGS服務項目產品分類時,也會帶來一定程度的窒礙。

 

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作者:林佑軒/有勁生物科技

 

每天生活在繁忙都市中的人們,有時會反過來嚮往鄉間,慢步調、自然無污染的居住環境總讓人覺得有益健康,連皮膚氣色似乎都會變好。那麼,皮膚狀況會因為生活在鄉間而比較好?事實上真的有研究指出皮膚疾病在都市的發生機率有高於鄉村的傾向1,並推測造成此差異的原因,除了都市的環境汙染,皮膚表面各式各樣的微生物相也脫不了干係2

為了探索這個問題,有韓國研究團隊分別調查了住在中國兩個大都會(北京與廣州)、以及三處偏遠城鎮(昆明、西安、呼和浩特)總共231位女性的臉頰皮膚菌相差異3。為排除受測者可能時常往返不同城市,造成菌相環境變因太複雜的情況,受測者必須居住在單一城市至少5年以上,且所住的城市距離其他取樣城市需相隔400公里以上,如圖一所示。

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作者:張美虹/有勁生物科技

 

EzBioCloud1是由韓國企業ChunLab開發、整合了多個生物資訊功能的雲端服務系統。此資料庫主要收錄細菌與古細菌的16S rRNA基因序列與全基因體組裝序列,目的是提供序列的搜尋比對以達成菌種的鑑定與分類,能廣泛應用在細菌/古細菌分類學、生態學,以及環境基因體學研究等領域。

 

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作者:陳正鑫/有勁生物科技

 

所謂民為國之根本,換個微觀角度,倘說基因為人之根本也一點不為過。基因可以決定一個人的長相、身材、智力、記憶、閱讀理解能力、本能、性格、情緒等,這些事實隨著科技進步以及科學上的突破一點一滴地呈現世人面前。但成也基因,敗也基因;基因在自然演化下有些微的突變發生率,很多突變又經常伴著遺傳性疾病而來,帶給病患及其家人極大的壓力。基因療法(Gene Therapy)這個被有些人視為逆天的治療法於是因應而生。

 

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作者:林志鵬/有勁生物科技

 

凌晨兩點,熱血次世代定序資料分析員的你,不停強打精神盯著電腦看著一堆由NGS序列構成的序列比對圖;突然,不小心打了瞌睡,一頭撞上桌子打翻咖啡……電腦瞬間當機,你看著螢幕想哭但是哭不出來……你累了嗎?保力達蠻X

 

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作者:沈淑華/有勁生物科技

 

有勁部落格《NIPT偽陽性與偽陰性的可能原因》一文曾提到染色體嵌合(mosaiciam)的發生機率有研究指出約為1%~2%,就自然發生的生物現象來說,這相對發生率實在不算低;因此,染色體嵌合被認為是最有可能造成NIPT偽陰性與偽陽性結果的原因。今日本文想跟大家分享的,不是技術的新知,也不是臨床的應用,而是一則因染色體嵌合造成NIPT偽陰性結果的真實案例。

 

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作者:謝維馨/有勁生物科技

 

什麼是決策樹 (Decision Tree)

決策樹(Decision Tree)是常見的資料探勘(Data Mining)技術,主要是使用樹狀分枝的概念來作為決策模式,是一種強大且廣受歡迎的分析方法。

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作者:郭任超/ 有勁生物科技

 

泛自閉症障礙 (autism spectrum disorder, ASD) 是一種發生於兒童發育早期的神經障礙性疾病,相當多變而複雜,主要表徵包括:社會互動能力下降、語言障礙、刻板、重複性動作與行為、興趣狹窄等。

 

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作者:邱佩洵 /有勁生物科技

 

你可曾想過,口渴的時候,不是拿起一瓶礦泉水來喝,而是拿出晶片在太陽底下一照,就有乾淨美味可口的水可以喝;是否想過,小小的人造葉片,能夠透過催化劑分解水分子產生氫、氧元素,提供能源。如果這些真的在未來發生,世界會變成怎樣?

 

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作者:金漢強/有勁生物科技

 

從去年年底BBC記者報導中國「天網」監控系統測試的新聞1開始,有關「監控」的報導三不五時就會出現;大數據監控的影響力顯然無遠弗屆。關於監控,以人權論,台灣或許真的較進步;不過從累積大數據的角度來說,中國無疑地正以不可思議的速度在成長,這當中也包括了基因數據的積累。儘管有報導指出中國的數據採集過程有各種爭議,但是數據庫的快速增長也是不爭的事實2

 

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作者:蘇蕭咨/有勁生物科技

 

肝苦誰人知?腸道菌的族群變化或許可以提供線索,幫我們找到答案。

 

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