有勁的基因資訊

作者：趙宇翔/有勁基因

　　「您對您的腰圍是否感到不滿意？對頑固的腹部脂肪是否感到棘手？」，生活中我們不難發現這類廣告文宣的身影，它們的重點多半繞著外在美打轉；但事實上，肥胖對「內在」，也就是生理健康的影響更是重要。

AI軟體產品研發困難的解決之道

作者：張凱迪/有勁基因

　　沒有三兩三，怎敢上梁山；AI軟體產品經理除了要有能力對機器學習產品開發專案做出正確評估之外，還得將專案接著應用在實際商業用途上。網路媒體VentureBeat曾調查發現，無法順利推出的機器學習產品比例高達8成7。研發專案的達成率要如何才能提升？若能從以下三個面相做出改變，或可幫你達到目的。

作者：許柏洋/有勁基因

　　新冠肺炎疫情延燒，全球確診人數持續攀升；部分國家在短暫解禁後又出現確診高峰的情形。良好的篩檢機制能及早檢出病毒帶原者、加以隔離並防止疫情擴散；特別是在疫苗及治療藥物尚未完備的情況下，建立迅速且準確的篩檢方式，相形之下更是重要。現今新冠病毒的篩檢方式主要有三類：核酸檢測、抗體檢測、及抗原檢測；其中核酸檢測因為準確度較高及偽陰性情況較低等優點而廣為各國採用。

作者：黃存操/有勁基因

　　「精準醫療」和一般醫療不同之處，在於精準醫療會根據患者的致病基因變異，來決定該施予病人何種治療方式。因此，精準的基因檢測是實施精準治療的必要前提。

作者：張益祥/有勁基因

　　我們在進行總體基因體學(Metagenomics)16S序列分析的時候，常常會為了如何有效運用辛苦實驗所定序出來的序列而絞盡腦汁，還好有不少這個領域的大神們相繼開發出相關演算法來幫忙解決問題，嘉惠眾人。本篇文章就要來介紹針對操作分類單元(Operational taxonomic units; OTUs)叢集分群以及校正擴增子序列變異(Amplicon sequence variants; ASVs)錯誤而開發出來的兩種演算方法，順便比較一下之間的差異性。

作者：鄭翰欽/有勁基因

　　環境中，各種微生物之間的交互作用其實比人們原本想像的更加複雜；不僅如此，和疾病有關的微生物與其宿主之間的交互作用，目前我們所知的，也只是冰山的一角而已。由於很多疾病和微生物關係匪淺，一直以來都有專家學者投入研究；近年來，環境微生物學更是成了顯學。對第一次踏入環境微生物分析這個研究領域的人來說，如何選擇適合的分析策略是個考驗。若因為對不同分析策略的各種限制不了解，以致選了不適當的策略，就可能事倍功半。本文要介紹給大家的是幾個常見策略的原理與用途，作為大家選擇方案時的判斷參考。

作者：何胤嫻/有勁基因

　　「嬰兒猝死症(Sudden infant death syndrome; SIDS)」近年來讓許多父母聞之色變。嬰兒猝死症的定義是：「1歲以下嬰兒突然死亡，在經過完整病理解剖並解析死亡過程、檢視過臨床病史等詳細調查後仍無法找出死因才能以此症判定」¹。嬰兒猝死症在2019年衛福部公布的嬰兒死亡原因中位居第七名，在女嬰死亡原因排名更高居第五²。造成嬰兒猝死的確切原因不明，推測可能與遺傳體質、潛在疾病、以及環境因子等多重因素有關。

作者：洪郁豪/有勁基因

    隨著次世代定序(NGS)技術的進步，近年來，基因定序的速度和輸出資料量大大提高。十年前的Genome Analyzer每次能產生的資料量最多只有1 Gb；如今，利用相同核心技術所建構的NovaSeq™6000，兩天內就能產出高達2 Tb的資料量。為了應付這麼大的資料產出量，就得將大量基因庫(library)放進每一輪的定序作業中同時讀取，這項技術稱為「多工處理(multiplexing)」。進入多工處理的所有基因庫在製備時，每條DNA片段上都會先被加入作為標籤(index)用的專一性基因序列，以便能在定序晶片內的單一通道(lane)中塞進大量的混合基因庫去同時進行定序。然而如此一來，經過多工處理後的基因庫定序資料也等於多了一層複雜性，所以在進入後端軟體分析之前，還得先通過一道「多工解訊(demultiplexing)」的步驟，將讀取到的資料先辨識並分門別類好才行。然而，Illumina次世代定序當初在開發基因庫多工處理技術時，曾遭遇標籤錯配(index misassignment)問題的嚴重挑戰；有鑑於此，便在官方白皮書上特別針對這個問題做了詳盡的介紹和因應說明。

作者：郭任超／有勁基因

　　冠狀病毒是一類病毒家族，由正股單鏈核醣核酸(+ssRNA)所組成，在很多不同物種的動物身上都可以分離到，有些甚至還能跨越物種壁壘感染人類，引起類感冒症狀的嚴重呼吸道疾病；目前引發全球疫情的新型冠狀病毒(COVID-19)就具有高度傳染性。老年患者和慢性病患者得到新冠肺炎重症的風險尤其高，死亡率也隨著年齡增長而升高。專家推測這個情形似乎和老人及慢性病患者體內能抑制病毒入侵的miRNAs (micro RNAs)數量較少有關^【註1】，因此，打算針對miRNA進行分析以幫助開發治療策略。

AI軟體產品研發的注意事項

作者：張凱迪/有勁基因

　　如果你是一個軟體產品經理，而你的部門正打算要開發人工智慧(AI)或是機器學習(ML)相關的軟體產品；那麼，身為產品經理的你就需要想辦法整合來自設計端、研發端、與執行端等各方的大小事。有別於產品經理自身在設計、評估市場需求、以及產品釋出方面的工作，AI相關領域的專案涵蓋了更多方位的挑戰；例如：未知結果或非固定結果 (non-deterministic)的設計輸出、新的服務基礎建設、新的處理流程、新的第三方工具整合等等。產品經理若能習得以上這些知識技術，就能利用導入AI來開發出更多具獨特性且價值更高的產品。

作者：劉祥欽/有勁基因

【DNA電泳染劑的種類及其原理】

　　DNA電泳是分子生物學實驗的基礎之一，其原理是利用電流將放進電泳槽中的混合DNA片段依分子量大小一一分開。我們一般會將電流導入電極兩端的TAE或TBE緩衝液中，DNA分子因為磷酸根帶負電之故，因此會在瓊脂糖凝膠(Agarose gel)的多孔隙膠體內順著電流朝向正電極的方向泳去，DNA片段的分子量越大，在膠體孔隙中泳動的速率就越慢，於是便可將混合的DNA片段按照分子量大小不同，一一分開。