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在進行 de novo sequencing 時,假如我們只利用NGS的資料要將全基因體序列組裝起來,通常要非常高的覆蓋率 (coverage) 才可能將基因體組裝起來,但是,如此高的覆蓋率,不但定序費用相當高,而且面對龐大的資料量,組裝所需的硬體需求將是我們所面臨的第一個難題,組裝所需的漫長運算時間,則是另一個難題,此外,組裝錯誤亦無法被查覺。

利用 Optical mapping 可以更有效率地進行 de novo sequencing ,以更低的成本,更快的速度組完全基因體序列。

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一般在做全基因體比較時,通常會先得到全基體的序列,然後再比較基因體之間的差異。

但是,當我們還不知道這些基因體是否存在差異前,貿然進行全基因體定序,倘若結果未能如我們預期,定序所花費大量的人力、物力與金錢無異是種浪費。

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菌株分型(strain typing)是分析菌株差異性常用的方法。

過去常用的方法是 PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis),但是PFGE的缺點是

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Optical mapping 是利用限制酶去裁切單分子DNA,產生單分子DNA圖譜,然後將許多單分子DNA圖譜組裝起來,以得到全基因體圖譜的一種技術。

其實驗步驟如下:

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Next Generation Sequencing 這個名稱是相較於傳統定序技術而言。

傳統的定序技術包括:

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