目前日期文章:201106 (5)

瀏覽方式: 標題列表 簡短摘要

在進行 de novo sequencing 時,假如我們只利用NGS的資料要將全基因體序列組裝起來,通常要非常高的覆蓋率 (coverage) 才可能將基因體組裝起來,但是,如此高的覆蓋率,不但定序費用相當高,而且面對龐大的資料量,組裝所需的硬體需求將是我們所面臨的第一個難題,組裝所需的漫長運算時間,則是另一個難題,此外,組裝錯誤亦無法被查覺。

利用 Optical mapping 可以更有效率地進行 de novo sequencing ,以更低的成本,更快的速度組完全基因體序列。

首先,我們利用 Optical mapping 建立全基因體的圖譜。


YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

一般在做全基因體比較時,通常會先得到全基體的序列,然後再比較基因體之間的差異。

但是,當我們還不知道這些基因體是否存在差異前,貿然進行全基因體定序,倘若結果未能如我們預期,定序所花費大量的人力、物力與金錢無異是種浪費。

在定序前,我們可以先以 Optical mapping 來分析我們要比較的基因體:

  • 如果基因體間沒有差異,我們就可以節省時間與金錢,不必再做進一步的定序。
  • 如果基因體間存在差異,再進行定序的工作,如此不但工作較有效果,而且Optical mapping 的結果亦可輔助全基因定序的工作,提升全基因體定序的效率。


YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(1) 人氣()

菌株分型(strain typing)是分析菌株差異性常用的方法。

過去常用的方法是 PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis),但是PFGE的缺點是

  1. 只提供少量的資訊
  2. 對於相近菌種的區別性不佳

使用 optical mapping 的話,即便是相近的菌株,我們仍能有效地加以區分,另外,除了分型之外,我們還能利用全基因體的比較而得知不同菌株間 insertion、deletion與基因轉置等等現象。

下圖即為 optical mapping 分析 strain typing 的結果,圖中兩菌株間的線條所標示之處即為菌株間相異之處。

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

Optical mapping 是利用限制酶去裁切單分子DNA,產生單分子DNA圖譜,然後將許多單分子DNA圖譜組裝起來,以得到全基因體圖譜的一種技術。

其實驗步驟如下:

一、以PDMS組成的微流道,利用毛細現象的原理,將DNA拉直,由於微流道下方的玻片為帶有正電之玻片,利用DNA帶負電的特性,將DNA固定在特殊玻片上(正負電相吸),此時,我們會得到一條筆直的單分子DNA。

img1.jpg  

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(1) 人氣()

Next Generation Sequencing 這個名稱是相較於傳統定序技術而言。

傳統的定序技術包括:

  • Chemical Sequencing
  • Sanger Sequencing

 

一般見到「傳統定序技術」大部份是指 Sanger 的定序方法。

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(3) 人氣()

您尚未登入,將以訪客身份留言。亦可以上方服務帳號登入留言

請輸入暱稱 ( 最多顯示 6 個中文字元 )

請輸入標題 ( 最多顯示 9 個中文字元 )

請輸入內容 ( 最多 140 個中文字元 )

請輸入左方認證碼:

看不懂,換張圖

請輸入驗證碼