研究生物基因轉錄體的方法有許多種,而使用次代定序儀系統進行轉錄體定序是目前相當熱門的一種方式,科學家們使用 RNA-seq 分析轉錄體表現主要期望能夠獲得三種重要資訊:1. 了解整個轉錄體構造、splicing 位置以及註解基因的功能。2. 將所有轉錄體的表現量多寡定量。3. 找出 alternative splicing 的可能性方式。

   相較於使用轉錄體反應 DNA-RNA 雜合為基礎的 RNA microarray,可以直接地得知轉錄體的方向性,但目前 RNA-seq 所常用的製備方法必須反轉錄成 cDNA,因此缺少了轉錄體序列的方向性,而分析上針對這個問題所作的解決方式為,例如:利用轉譯的蛋白質基因預測 open reading frame、利用 3’端定序量常較 5’端多的 bias、以及藉由真核生物 splicing 位置方向來做判斷。但即使如此,發展能區分出方向性的 RNA-seq 製備方式是很重要的,這是因為當面對較小基因體的物種,如微生物或低等真核生物時,基因會密集的出現在 DNA 的正負股上,而無法確認方向性會造成評估基因表現量上的誤判,另外,當轉錄體表現時,也有機會產生負股調控基因的轉錄體,這些轉錄體並不轉譯,但與蛋白質表現量卻息息相關。

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