目前日期文章：201203 (5)
- Mar 25 Sun 2012 01:31
3T 的記憶體
- Mar 16 Fri 2012 23:16
GC rich的區域為什麼定序的效果較差
- Mar 16 Fri 2012 23:10
定序深度越深就能組出完整的genome?
當我們在進行 de novo 定序時，一般而言，定序深度越深 (定序量越多)組裝效果會越好，就如同統計學中所述，抽樣的樣本數越多，其分佈會越接近母體之分佈。
不過，是不是只要一直增加定序量就能完整組出 de novo 的基因體序列呢? 目前來恐怕還是件很困難的事。主要的理由在於基因體中長片段重複序列造成組裝上之問題，由於長片段重複序列被打斷時會產生許多相似的序列，使得在組裝過程中無法判斷何種組裝結果是正確的。
以下就以非常簡化的例子來說明長片段重複序列組裝上的問題。
假設一個read只包含兩個base。
- Mar 16 Fri 2012 23:05
不同長度mate-paired 在組裝上之差異
有時候會遇到使用者詢問，為什麼做不同長度的mate-paired 呢? 這是因為contig間的距離不同，為了將這些不同距離的contig 組裝起來，得到更完整的組裝資訊，所以才需要使用不同長度的mate-paired。
以下就用一個簡化的例子來說明不同 mate-paired 在組裝效果上的差異:
假設我們有三個contig，這三個contig在genome上的距離如下:
- Mar 16 Fri 2012 23:00
Q-PCR(Real-time PCR)
即時聚合酶鏈鎖反應(Real-time polymerase chain reaction，簡稱為Real-time PCR)，又稱定量即時聚合酶鏈鎖反應(Quantitative real time polymerase chain reaction，簡稱為Q-PCR)。Q-PCR是藉由PCR擴增原理將DNA放大的同時並達到即時定量之結果，若使用傳統PCR方法來定量的話是較費時費工又容易汙染，因此Q-PCR已經廣泛使用在定量這方面。
目前Q-PCR常用化學物質大致上可以分為：非專一性化學物質(SYBR Green )與專一性化學物質(TaqMan probe)。分述如下：
1.SYBR Green I
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