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前一段時間,公司進了全台灣第一台3TB 記憶體的電腦,3TB 記憶體究竟有多少呢? 以每隻 Ram 16 G 排出來的畫面如下。

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ragecomic 

 

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GC rich的區域不易定序的原因,主要發生於以下兩個階段:

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當我們在進行 de novo 定序時,一般而言,定序深度越深 (定序量越多)組裝效果會越好,就如同統計學中所述,抽樣的樣本數越多,其分佈會越接近母體之分佈。

不過,是不是只要一直增加定序量就能完整組出 de novo 的基因體序列呢? 目前來恐怕還是件很困難的事。主要的理由在於基因體中長片段重複序列造成組裝上之問題,由於長片段重複序列被打斷時會產生許多相似的序列,使得在組裝過程中無法判斷何種組裝結果是正確的。

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有時候會遇到使用者詢問,為什麼做不同長度的mate-paired 呢? 這是因為contig間的距離不同,為了將這些不同距離的contig 組裝起來,得到更完整的組裝資訊,所以才需要使用不同長度的mate-paired。

以下就用一個簡化的例子來說明不同 mate-paired 在組裝效果上的差異:

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即時聚合酶鏈鎖反應(Real-time polymerase chain reaction,簡稱為Real-time PCR),又稱定量即時聚合酶鏈鎖反應(Quantitative real time polymerase chain reaction,簡稱為Q-PCR)。Q-PCR是藉由PCR擴增原理將DNA放大的同時並達到即時定量之結果,若使用傳統PCR方法來定量的話是較費時費工又容易汙染,因此Q-PCR已經廣泛使用在定量這方面。

 

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