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近幾年來,由於科學家發現 miRNA 與調節基因的表現量有相關,甚至與疾病也有一定的關係存在,所以生物學家慢慢將研究重心趨向 miRNA。Figure1 是從 2001 年到 2010 年與 miRNA 相關研究的資料,由下圖可以看出近年來研究 miRNA 是越來越多了

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RNA-Seq 雖然是這幾年發展的技術,但已經成為分析 transcriptome 的方法,可用來組裝 transcript ,發現 splicing variants 、 single-nucleotide variations 及 fusion genes 等,而 strand specific RNA 更可協助 transcript 組裝及 genome annotation 的正確性。 Lin Wang 等人在 2011 年發表在 PLoS ONE 期刊所發表的研究,提到如何做 strand specific RNA 的 Library construction、與 non-strand specific RNA protocol 比較,及協助證實 gene model 正確性,以下就做個介紹:

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在次世代定序 RNA-seq 成為 transcriptome 研究的主要來源前,我們多是使用 microarray 來分析基因體表現量的變化與樣本條件之間的關聯性,例如:基因表現量與不同組織細胞的性狀。每一個個體的 transcriptome 受到基因體變異而不一樣,像是 SNP、copy number 的變異。而直接分析轉錄本的表現量變化是最容易觀察到與性狀之間的關係。一般定義真核細胞中的一個基因被轉錄後,其調控會透過 RNA edit (例如 splicing ) 形成多種轉錄本。不同轉錄本的表現量變化造成性狀不同的關聯性可能更高。RNA-seq 高解析度的定量 mRNA,提供給研究人員們一個機會來研究轉錄本的變化。

於是有西班牙生物資訊學家開始研究如何用 RNA-seq 來分析 reference genome 上的同一個基因內不同轉錄本表現量的差異。轉錄體的比較比基因表現量的比較要來的複雜。計算上,我們會假設不同的基因之間表現量的資訊是獨立變數,但是相同基因內的轉錄本數量,卻有相依性。某一轉錄本的數量越多會造成其他轉錄本的表現量減少。因此需要思考各個轉錄本 RPKM 在個體間的差異要如何分析。

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傳統中藥醫學(Traditional Chinese Medicines ,TCMs),於博大精深的中國已超過3000年載的使用歷史,隨著日新月異的醫學科技,訴求自然之傳統中醫業已與速效的西醫並駕齊驅,很多醫學觀念亦紛紛導向中西合璧之途,在各種醫學評估及試圖尋找西藥替代品的情況下,中草藥勢必為首選。而中藥產品的日益普及,與其接受度漸趨增加,也使得產值逐年水漲船高,消費者除了注意藥品安全問題外,亦衍生出藥物來源合法性之問題,但往往在選購中藥產品時,看見的只是包裝的成分內容,附註之藥品標籤是否誠實,亦或其中隱藏很多摻假不實的添加成分,皆無從得知,而消費者就可能成為這場交易中的蒙蔽者。甚至有不肖商人,利用違法的瀕臨絕種動植物為藥材,或添加禁止入藥之植物萃取物試圖魚目混珠,這些非法行為都可能導致消費者身體損害或後遺症。迄今,鑑識中藥內容方式,雖可鑑別出植物成分,但也侷限於已知標準品的範圍,欲知其確切來自何物種仍有難度,因此,要如何有效把關這些市面上流通的中藥產品,本篇作者將中藥檢驗結合次代定序 (NGS) 平臺,探究每種藥品中所含之 DNA 種類,將其序列與已知動植物之 DNA 資料庫進行比對,利用此方式作者成功鑑定出中藥成分的物種來源。此外,為了達到保護野生動植物的永續發展,也結合瀕臨絕種野生動植物國際貿易公約,探討這些中藥來源的合法性,作者分析由澳洲海關人員所查扣包含粉末、錠劑、膠囊與草藥等多種違反當地環境法之中藥製品 (圖一)

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