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piRNA 又稱為 piwi-interacting RNA為 small non-conding RNA 的主要類別之一,piRNA 主要具備幾個特性:

  1. 目前僅在動物細胞中被發現
  2. 目前常見動物的生殖腺細胞中
  3. 長度大約是 26~31 nt
  4. 5’ 端偏好以 U 做為起始

 

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隨著越來越多的基因體被定序,如何有系統地且大規模的收集和整理基因的功能和所在的生物路徑,顯得越來越重要。例如,可以透過Enzyme Commission number(EC number)得以了解酵素的分類和所催化的化學反應。在生物資訊領域,Gene Ontology (簡稱為GO)常用來協助了解一群感興趣的基因產物。

 

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DNA Genotek® OrageneˑDNA ( OG-500 )DNA Collection Kit在臨床上的應用

圖片2  

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目前 De Novo 序列組裝演算法有兩種, 一種稱為 overlap-layout-consensus , 簡稱 OLC. 另一種則是 de-bruijn-graph , 簡稱 DBG.

OLC 方法較為直觀, 先是將所有的 reads 做兩兩比對( pair-wise alignment ), 找出 reads 重疊( overlap )的區域, 再以圖學( graph theory )的方式呈現( layout ) reads 之間的重疊的關係, 以節點( vertex )表示 read,( edge )表示 read 之間的重疊, 見圖一.

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