目前日期文章:201303 (4)

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Next Generation Sequencing 這個名稱是相較於傳統定序技術而言。

傳統的定序技術包括:

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由於孕婦年齡、體質或其他外在干擾因素導致懷胎的新生兒染色體平衡對調(balanced translocation),常導致新生兒身體主要結構缺損畸形,一般在懷孕1820週時,在超音波檢查下是可以發現胎兒結構上明顯的異常,然而,若要進一步了解哪些染色體發生了平衡對調,以常見的核型分析karyotypingarray-based CGH皆難以判斷。

Michael E. Talkowski研究團隊發表可以在14天內以次世代定序技術判斷胎兒哪些染色體發生了平衡對調,並且可以分析這種平衡對調導致的基因異常(詳細流程見下圖)。研究內容以一位37歲有多次流產病史的孕婦為例,其18.8週開始超音波檢查陸陸續續發現胎兒有一些明顯的畸形異常,而karyotypingarray-based CGH皆顯示無明顯的臨床致病性的變異。Michael E. Talkowski研究團隊將孕婦羊水的胎兒DNA抽出後,經由DNA打斷成平均2kb的長度,擷取此DNA片段兩端的黏合物(類似本部落格之前有提到的mate-pair原理),以Illumina Hiseq2000執行Pair-End 25 cycles的定序。

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            隨著現在次世代定序技術越來越進步,定序所需的成本也越來越低,許多研究者也開始紛紛進行許多物種的全基因體定序。當我們得到一個物種的全基因體DNA序列之後,下一步接著要做的便是基因體上的蛋白質coding region的預測。在這邊就來跟大家介紹一個適用於細菌及古生菌的基因預測軟體:Prodigal

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人類乳突病毒Human Papilloma virus(HPV)是一種分子較小直徑約55nm的DNA病毒,目前人類乳突病毒有一百多種基因型,不同基因型的人類乳突病毒引起的疾病種類不盡相同,其中以30~40種類型的人類乳突病毒會透過性行為傳染到生殖器或周邊皮膚,而這些種類當中又以10~15種最容易引起子宮頸癌與其他生殖道癌,例如HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59和68

被稱為高危險性病毒。人類乳突病毒除了導致大家所熟悉的子宮頸癌之外,在流行病學與分子生物學研究報告中顯示人類乳突病毒也可能造成頭頸癌的發生。

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