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腦脊髓液是直接與人類大腦或神經接觸的體液,所以在研究或臨床診斷神經性病變、中樞神經腫瘤、腦部創傷及腦膜炎等疾病時,皆會進一步探究腦脊髓液的內容物,若其中存有大量特殊蛋白、細菌、異常顏色或細胞,可協助醫師執行後續治療策略,在研究上,亦能輔助判斷疾病的致病機制。

目前已有許多研究利用次世代定序分析血漿內游離的miRNA,其具有潛力做為許多疾病的marker,本部落格在先前文章已有介紹。針對腦脊髓液內游離的miRNA,多數研究是利用qRT-PCR研究,例如在阿茲海默症有被發現miRNA表現情形與正常人不同,但較少利用次世代定序研究腦脊髓液的miRNA,此主因為每個病人一次取得的腦脊髓液有限,這些腦脊髓液含有的total RNA總量極為稀少,而miRNA又以極低量存在這些微量total RNA中,所以導致實驗執行上的困難。

Kasandra Lovette Burgos等科學家為突破此困難,首先,他們先找尋最適合萃取腦脊髓液游離RNA的試劑,其應符合高回收率、無RNA長度的限制及操作方便性,作者先以性質類似的血漿做為測試的樣品,比較各式萃取試劑的回收率,結果如下圖,在200 ul的腦脊髓液內,回收率較佳的試劑組為mirVana、PARIS mirVana、Qiagen miRNeasy及BiooPure,約能萃取到15 ng的total RNA。

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NGS不僅可以協助物種解序更可以幫助癌症研究與臨床應用就如下圖所顯示的有RNA-seqChIP- seq …..等等,提供更多訊息來瞭解cancer genome與設計出個人化的治療。

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在癌症研究方面,在過去幾年中,NGS對於癌症研究不只扮演提供新的遺傳變異的角色,更得到癌症生成與轉移的複雜性之瞭解。使用NGS做研究的癌症種類有乳癌與直腸癌 .....等等。如下表

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