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火星一直被許多人討論可能會在數十億年前有生命體的存在,甚至上火星的探勘器有發現疑似是水的流路或冰河痕跡,所以更有科學家大膽推測地球上的生命是源自火星。當然這些討論及假設目前並沒有確切證據可以證實,但回歸到地球生命的本質,DNA及RNA架構了生命體,所以找尋火星上是否有DNA或RNA的存在,並且進一步定序,可提供科學家許多的資訊來找尋生命的蹤跡及推斷生命的起源。若直接由火星採集樣品再回地球執行定序,在時間上會非常耗時(來回火星及地球就要耗費數年),除此之外,DNA及RNA也有可能在運送過程中降解,所以研究人員希望能夠直接在火星上執行定序,稱之為in situ Life Detection,如此可立刻知道定序的結果,若有問題亦能立即再採樣。

        麻省理工學院Christopher E. Carr研究團隊提出使用次世代定序系統執行in situ Life Detection任務的概念,並且認為相對較為單純的無光學系統半導體定序技術是較為適合的平台,然而在外太空輻射線充斥的環境下,可能會對於定序過程有所影響,因此,他們將Ion torrent的314 chip處理各式各樣強度及種類不一的輻射(Fe-56, O-18, H-1),並進一步分析其產生的影響,實驗設計如下表所示,總共40片的chip,其中20片用電子的方式測試輻射照射前及後的影響,另外20片經輻射照射後,直接拿來定序E. coli的DNA,並且分析定序結果。

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在現今科技進步的社會中,NGS除了扮演尋找SNP與mutation或是de novo sequencing…等等也讓科學家縮短了研究各式各樣基因圖譜的時間。但很遺憾的是目前NGS的前置作業也就是製備library的方法,並沒有可以完完全全代替人力的自動化系統來完成library,因此為了彌補這項缺失Hanyoup Kim,et al.等人開發針對illumina定序平台的自動化library製備系統,此系統稱為microfluidic system,這套系統結合了droplet-based digital microfluidic (DMF),所以library製備可以在此系統完成。(如下圖)

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a. 指microfluidic system,而右上角長條狀的圖示則表是DMF-capillary interface。

b. 左邊圖示原理圖,右邊則是利用microfluidic方法製備DNA library的說明圖。

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Biocomicals (網址:http://www.biocomicals.com/comics/,生物相關漫畫部落格)

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此網站由一群具有科學和醫藥背景的網路漫畫家所組成,透過開放式的創作平台,將各種有趣的構想圖像化,平均一周有3~4篇的漫畫產出。更多有趣漫畫請連結至該網站觀看

  

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上圖來源於(http://sourceforge.net/projects/trinityrnaseq/files/misc/RNASEQ_WORKSHOP/rnaseq_workshop_slides.pdf/download)

此套分析流程的開發團隊將此protocol取名為燕尾服(Tuxedo Suite),目的是將NGS技術定序RNA-Seq的reads透過alignment到已知基因體序列後,進行重組轉錄本(transcript reconstruction)、genes/transcripts 定量及分析不同condition間有顯著差異的genes/ transcripts,最後在搭配R語言將統計結果圖像化;此套分析流程適用於有已知基因體序列的物種(例如:人類、老鼠、斑馬魚、阿拉伯芥、番茄..等)。

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