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圖一: circRNA的生成及功能(圖來源: Wilusz, J. E., and Sharp, P. A. (2013). Molecular biology. A circuitous route to noncoding RNA. Science 340, 440–441. doi: 10.1126/science.1238522 )

 

Circular RNAs (circRNAs) 是一種環型的noncoding RNA (ncRNA),早在1991年就有研究發現此類型的 ncRNA,但將近20多年來,人們對於circRNAs的了解依舊陌生,近兩年多篇研究使用NGS RNA-Seq的定序的技術,於哺乳動物細胞中找到大量的novel circRNAs,其研究成果也登上知名的期刊naturescience

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現階段NGSmapping軟體裡,BWA可以說是相當知名的一個。在BWA aln裡有一個參數-n,其程式內部說明如下:

 

Options:

-n NUM    max #diff (int) or missing prob under 0.02 err rate (float) [0.04]

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