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DNA 的甲基化現象研究一直以來是個熱門的話題,脊椎動物最常發生在CpGCytosine的五號碳上,植物或是哺乳類動物幹細胞上則常見發生在 CHGCHH上。當甲基化的位置在promoter上時,通常會 down-regulate 下游基因表現,這種基因調控的功能,與多種細胞分化、抗腫瘤基因、生長發育等等相關。

近年來使用次世代定序儀技術發展了數種研究DNA 的甲基化現象的方式,分別是使用 Bisulphite conversion 特性進行全基因體定序的 whole-genome bisulphite sequencing (WG-BS)、使用 probe 附加 target enrichmentbisulphite sequencing (Targeted-BS)、使用抗體針對甲基化區域做免疫沉降的 methyled DNA immunoprecipitation sequencing (MeDIP-seq)及將 Bisulphite conversion 特性與抗體做免疫沉降混合的 methyled DNA immunoprecipitation bisulphfite sequencing (MeDIP-BS) (圖一)

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現今次世代定序蓬勃發展,RNA-Seq儼然成為測量基因表達的標準,並且是經常被應用於人類疾病研究的重要技術。

基因表達定量牽涉到定序序列與已知的基因組或轉錄組參考序列比對。而量化的準確性依賴於經過生物資訊工具分析後,定序序列是否產生足夠且獨特的訊息進而能精確地對上參考序列。

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每當看到電視上許多藝人凍齡的樣貌,是否一股羨慕的心情油然而生呢?擁有一張年輕的面孔是自古以來人類的慾望之一,因為外在可以大致反映出一個人的健康狀況以及生活情形,而將脆弱的一面隱藏起來則是動物的本能,透過外表就能增加生存的時間和空間,大家何樂而不為。對於看起來年輕這件事一直缺乏分子生物學上的證據,直至今年,一個由多國組成的研究團隊在知名期刊〈Current Biology〉上首次發表基因與感知年齡的關係,該團隊共評估超過4000張歐洲人的全臉照,每張經由數十人判斷後得出感知年齡並取得平均值,再對這些照片的主人做基因定序,發現具有MC1R基因變異的人群,其年齡相較於未攜帶者平均高出一至兩歲,排除掉受試者的年齡、性別、膚色和日曬損傷等的因素後,MC1R變異仍有顯著的影響。

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如何精確的利用NGS定序資料來偵測腫瘤細胞的染色體變異一直是一個非常重要的課題。一篇在2016發表在NAR的論文裡,作者開發了一個工具VarDict,使得研究者在進行腫瘤突變偵測的過程中能夠更加順利。

一般來說,常見的腫瘤細胞變異不外乎以下幾種:Single nucleotide variant (SNV)、Multiple nucleotide variants (MNV),Insertion,Deletion,complex variant、Structural variants (SV)。目前大家比較常用的variant calling軟體,例如:GATK、FreeBayes、VarScan,則是設計來針對SNV 以及small insertion and deletion進行偵測,至於複雜的變異型態 (complex variant)則是沒有包含。然而抑癌基因,例如 TP53, PTEN, BRA1/2, RB1, STK11, NF1…等等,經常包含了大片段的frameshift insertion and deletion或者是complex variant以及SV,就經常會被偵測軟體給遺漏。

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對微生物而言,人體表面的皮膚就是一個擁有多樣棲地的完整生態系統。這些微生物像是細菌、真菌及病毒等,大多對人體無害或是有益,但有少部分微生物會造成粉刺、乾癬或是溼疹等常間的皮膚病。現在我們已經知道有些皮膚病好發在特定位置是因為致病病菌對生存環境的偏好所導致,例如導致濕疹的病菌偏愛潮濕的環境,而導致乾癬的病菌喜愛乾燥,所以濕疹好發在手臂或大腿的彎折處,而乾癬常在手肘和膝蓋上被發現1,2。然而,類似的生存環境在每個人身上都有,為什麼有些人皮膚上的疾病會不斷復發,無法根治,而其他人卻沒有這樣的困擾?是不是因為這些微生物不僅好發於特定位置的皮膚,對不同的個體也有不同程度的偏好?

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