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一般來說,當我們希望藉由統計的方法來協助我們進行推論時,我們會先針對結果提出假設,並希望能夠利用有限的的資料加以證實我們提出的假設,而假設檢定就是一種用來檢驗統計假設的方法。

在研究的過程中,要提出一個強而有力的證據來證明假設為真是不容易的,因此在進行假設檢定的過程中,我們會先將結果分成兩種相反的決策:虛無假設 (Null Hypothesis, H0)和對立假設(Alternative Hypothesis, H1),並利用反證法來證實我們的推論。換句話說,進行假設檢定的目標,不是在於證明立論為真,而是希望能夠有足夠的證據可以推翻相反的立論。因此,我們通常會將我們希望推翻的目標設為虛無假設 (H0)、將我們期望證實的結果設為對立假設 (H1),並期望可以透過推翻虛無假設來證實我們的推論。

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類風濕性關節炎全球盛行率0.5%,係屬自體免疫性疾病,自體免疫攻擊體內的組織,造成發炎及破壞關節滑膜。ACPA (Anti-citrullinated protein autoantibody)為類風濕關節炎的特異性生化指標,常做為診斷及判斷疾病嚴重程度的依據。

主要組織相容性複合物 (major histocompatibility complex, MHC)於人體稱為人類白血球抗原 (human leukocyte antigen, HLA),位於染色體6p21,分成兩大類(1) class I包括HLA-A、HLA-B、HLA-C;(2)Class II包括HLA-DP、HLA-DQ、HLA-DR。MHC的功能為結合並呈現抗原胜肽,活化T細胞的免疫反應,具多樣性抗原呈現。而類風濕性關節炎的遺傳性約30%–50% ,尤其HLA-DRB1。

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RNA-Seq可幫助科學家偵測所有表現的基因,即使是尚未發現的基因也可被偵測,因此能應用於找尋新的基因;延伸的應用包含找尋一些和基因的結構相似但不會轉譯成蛋白的non-coding RNA及基因表現時因同一個基因下選擇性剪接產生(Alternative splicing)isoform

RNA-Seq的實驗設計中,定序深度是很重要的因子,定序深度會與transcriptome size有相關,一般而言genome size越大的物種,其transcriptome size就越大,定序的深度也需要更高。下表初略將不同物種的transcriptome size分類

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