作者:鄭翰欽/有勁生物科技

 

由Pacific Biosciences公司(簡稱PacBio)所建立的第三代定序技術─Single Molecule Real Time (SMRT) (相關技術原理可參考有勁2013/11/21部落格文章),其reads長度普遍都能超過10KB,因此可以跨過一些基因體(Genome)上的重複序列,讓組裝(Assembly)過程更容易。然而SMRT定序過程中,直接對單一DNA分子進行定序的話,錯誤率會偏高;若在此過程中使用SMRTbell template對同一條序列進行重複定序,並將這些重複的序列整合成Circular consensus sequencing (CCS) reads,就可將定序錯誤率壓到很低。於是現在愈來愈多人會利用SMRT定序技術去進行基因體定序及後續的組裝。然而,使用SMRT定序所得到的reads為HDF5格式,而非常見的fastq格式,想直接拿SMRT reads結果做分析會很不方便。因此,在這裡要介紹PacBio官方出版的分析軟體─SMRT link給大家參考。

 

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