目前日期文章:201805 (5)

瀏覽方式: 標題列表 簡短摘要

作者:張凱迪/有勁生物科技

 

  隨著NGS在醫療檢測上的應用越來越廣泛,大量例行性的數據分析讓許多定序中心與醫療檢測等單位面臨資料分析承載力與儲存資源不足的窘境。本文以美國食品藥物管理局(FDA)為其資訊運算設備所設計的分析環境(High-Performance Integrated Virtual Environment; HIVE)為範例 1 ,來作為成立NGS大型計畫時需要考量哪些因素的參考。整體來說,一個靈活彈性化的計算環境必須能夠解決以下幾項問題。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

作者:吳上豪/有勁生物科技

 

Flow cell是含有管道的一片玻璃,能提供空間給定序樣品在其中擴增產生叢集(cluster),可說是Illumina定序的主要舞台;定序試劑在玻璃上的管道內流通,而定序便靠著偵測辨認各叢集所放出的螢光訊號來進行(請參考有勁部落格文章《次世代定序(Next Generation Sequencing, NGS)》)。Illumina於2014年推出patterned flow cell技術1並將之應用在HiSeq X ten、HiSeq 3000、HiSeq 4000等較新的機型,降低了定序的成本。Patterned flow cell的特性,以及與舊式flow cell (non-patterned flow cell)之間究竟有何差異?本篇文章這就帶您了解。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

作者:黃勤方/有勁生物科技

 

癌症免疫治療目的是透過疫苗去啟動癌症的免疫週期,希望藉由活化患者的T細胞去正確分辨腫瘤細胞與正常細胞,讓免疫系統只針對腫瘤細胞進行毒殺,能更有效專一地控制腫瘤的生長與惡化。腫瘤的發生與基因突變有關;引發與維持腫瘤生長存活的「大哥級」關鍵性突變─driver mutation(驅動突變),以及其他看似不太重要的「跟班級」突變─passenger mutation(附隨突變),不論是哪一種,都有可能改變蛋白質序列。從免疫的角度來看,也就是說,基因突變有可能讓腫瘤細胞表現出正常細胞所沒有的蛋白─新生抗原(neoantigen),而該蛋白上決定抗原特異性的胜肽區域即為新生抗原決定位(neoepitope)。1如何利用找出患者癌細胞的基因突變位點、以及具特異性的新生抗原決定位,來正確預測並選出合適的新生抗原標的,然後設計出個人化的癌症疫苗,是當今醫學界的新挑戰。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

作者:李覺白/有勁生物科技

 

人工智慧(Artificial Intelligence, AI)早在1950年代就被提出;隨著時間的演進,於1980年又衍伸出機器學習(machine learning)這塊領域,但礙於早期電腦及演算法上的效能與限制,能被應用解決的問題始終相當有限。近兩年因為AlphaGo在圍棋上不斷擊敗人類棋王,AI技術再次被人們討論並掀起熱潮。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

作者:洪郁豪/有勁生物科技

 

NGS次世代定序技術近年以其高正確率、高輸出量的優勢,刺激了總體基因體定序(Metagenomics Sequencing)技術以微生物相為對象的研究發展。國外的人體微生物相研究大型計畫─Human Microbiome Project,便是利用次世代定序技術,挑選16S rRNA中具鑑別度的部分區域進行定序,然後將大量的數據分析結果,與多種人類疾病做關聯,是為這類研究計畫的標竿之一。其他諸如糖尿病、炎症性腸病、自閉症等疾病研究,也都被陸續報導指出與人體微生物相息息相關。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

您尚未登入,將以訪客身份留言。亦可以上方服務帳號登入留言

請輸入暱稱 ( 最多顯示 6 個中文字元 )

請輸入標題 ( 最多顯示 9 個中文字元 )

請輸入內容 ( 最多 140 個中文字元 )

請輸入左方認證碼:

看不懂,換張圖

請輸入驗證碼