目前日期文章:201810 (4)

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作者:吳上豪/有勁生物科技

 

數月前筆者曾撰文介紹Illumina現行HiSeq 3000/4000/X Ten平台所使用的patterned flow cell(詳見有勁部落格文章:Illumina Patterned Flow Cell簡介),其藉由「固定孔洞」這個設計,讓基因文庫(gene library)能在flow cell上均勻且有效率地擴增,提高了定序資料量與儀器訊號判讀的能力。然而,由於筆者曾在HiSeq4000平台體驗過定序出現品質低落或資料量不足的經驗,所以在此想將使用patterned flow cell平台定序時所需注意的事項介紹給大家。

 

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作者:李覺白/有勁生物科技

 

  資料探勘(Data mining)是透過自動(由演算法自行完成探勘,不需人工介入)或半自動(探勘時仍需依賴人為介入過往處理資料的經驗判斷)的方式,從資料集(dataset)當中探索發掘有意義的資訊或模式的電腦科學,這裡的「模式」指的是「可重複出現的現象」,因此,也可以把資料探勘想成是一門從資料中探索知識的學科。資料探勘也是一門跨領域的學科,其包含了機器學習(machine learning)、人工智能(Artificial Intelligence)、模式辨別(Pattern cognition)、統計學(statistics)及資料庫系統(database systems)等等不同範疇(圖一)。

 

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作者:洪郁豪/有勁生物科技

 

    Illumina公司靠著Reversible Terminator–Based Sequence by Synthesis (SBS)這個專利系統技術,每年推陳出新許多不同的次世代定序平台。這套原由劍橋大學科學家Shankar Balasubramanian博士與David Klenerman博士所研究開發的系統,在2006年推出第一代定序儀Solexa -Genome Analyzer後隔年便為Illumina收購。這套定序系統實際上囊括了許多特別的技術(詳見下方影片一的官方3D模擬影片),而將其中各項技術成功組合起來,才是Illumina技術得以在定序市場佔有龍頭地位的主因1

 

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作者:劉祥欽/有勁生物科技

 

  血漿中游離DNA (circulating cell-free DNA) 的特性及來源漸為人們熟知後,其在檢測監控上的應用於近幾年不斷地被開發出來。「每個人血液中都有自己的游離DNA」已然成為老生常談;但「孕婦、癌症病患以及器官移植接受者血液中帶有胎兒、癌細胞或被移植器官的DNA」這個事實,可就讓研究者大大睜亮眼睛了。而以此為研究基礎,至今也已研究發展出非侵入性產前檢測 (NIPT)、癌細胞液態檢體 (liquid biopsy)與移植器官的監控與損害評估等技術。

 

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