有勁的基因資訊

作者：徐嘉妤/有勁基因

　　新生兒剛出生沒多久就會排便，但出生前又沒被餵食，便便從何而來呢？其實媽媽在懷孕20周之後，胎便就開始在胎兒腸道中慢慢生成了。胎便(Meconium)呈墨綠色，主要成分包括腸壁脫落的上皮細胞、腸道分泌物、膽汁黏液、胎毛、胎脂、及被吞嚥入肚的羊水。對於胎便，我們除了確認其顏色對不對外，還能從中獲取什麼有用的資訊呢？

作者：吳上豪/有勁基因

　　Illumina^®公司在2015年推出HiSeq 3000/4000平台，並設計了新的文庫定序晶片(Patterned flowcell)以及新的酵素系統(Exclusion amplification chemistry)。新的技術妥善規劃了晶片上供基因文庫(library)擴增成叢集的空間；雖然大幅增加單一晶片的定序資料量，卻也產生了一些原本舊平台不會發生的問題，就是定序結果中會出現較高比例的「重複讀取資料(duplicate reads)」。(延伸閱讀：有勁部落格《Illumina Patterned Flow Cell簡介》/《Illumina Pattern Flow Cell平台定序注意事項》/《Illumina平台上的「標籤跳躍」現象》/《Illumina各型螢光頻率定序方式介紹》)

作者：洪郁豪/有勁基因

　　依稀記得學生時代剛開始接觸自然課程時，課程內容一開場就是介紹科學研究的進行方式：首先，要透過觀察事實提出問題，建立假說，然後才設計實驗去驗證假說。驗證成功的話就有機會建立理論，或者成為定律；驗證若是失敗，則需要重新設計實驗繼續驗證，或是提出新的假說。當時還是小孩的我們，對這些內容可能強記多過體會，這些「科學研究的根本」或許之後也逐漸被我們忘記，大家只記得要趕快取得自己想要的實驗結果，忽略了科學研究首先應該要細膩觀察、清楚自己要問的問題是什麼、以及「提出的假設是否能回答自己所提出的問題」。透過本文，我想回歸初心再一次審視科學研究進行的方式。

作者：陳正鑫／有勁基因

　　現正熱映的臺灣連續劇「未來媽媽」描述了現代女性在婚姻中可能面臨的壓力，不論在精神或是身體層面都有需要面對的狀況，其中包括「孕不孕」這個議題。現今醫療即便再進步，單靠施行人工受孕(Intrauterine Insemination; IUI)或試管嬰兒(In Vitro Fertilization-Embryo Transfer; IVF-ET)等治療未必足以解決每個家庭所遇到的不孕困難，但若能輔以「胚胎著床前染色體篩檢(Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy; PGT-A)」這類可為試管嬰兒提供重要參考資訊的相關檢測，治療的效果就可望提升。

作者：郭任超／有勁基因

　　新冠肺炎全球大流行，疫情至今已造成全球經濟及人口的重大損失，全球的官方統計死亡人數在2021年1月15日已經突破兩百萬，各國政府因此無不致力計畫實施疫苗的大規模接種，希望能藉此控制住疫情。然而，疫苗的效力在人體內究竟能持續多久，也成為大家最關心的議題。

作者：邱翎雅/有勁基因

　　根據2018年WHO世界衛生組織的統計資料，全球平均每六人就有一人因癌症死亡¹；癌症防治因此一直是全球衛生組織機構努力的方向之一。

作者：尤冠景/有勁基因

　　網路和智慧型手機發展至今，已經改變了許多人日常生活和工作的模式；大家現在經常會在社群網站上用文字、照片、影片無國界地與人交流，也已經習慣把重要檔案上傳至雲端備份。網路雲端的硬體容量好似無窮無盡；然而，真是這樣嗎？

作者：徐嘉妤/有勁基因

　　有勁部落格《濕疹患者皮膚上的細菌比較多嗎？》¹曾介紹金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus; SA)會讓濕疹惡化、讓發炎反應更嚴重的研究。但是最近有篇研究的結果竟然大相徑庭。這篇刊登在2020年《Cell Reports》期刊上的文章，作者在研究人類免疫系統對抗金黃色葡萄球菌感染的防禦機制時，發現球菌感染後所產生的毒素除了會損害細胞組織，竟也會促進傷口的癒合。

作者：陳怡婷/有勁基因

    「你企呷塞啦！」兒時朋友間拌嘴的話，如今拜科技所賜，可能不會再只是一個玩笑話。「糞微菌叢植入治療」，也就是俗稱的糞便移植，是一種將健康捐贈者的糞便藉由製成口服膠囊、結腸鏡或者灌腸等方式，將捐贈者腸道細菌移植至病人腸道的治療方法。至今已有許多研究證實腸道菌與人體代謝、過敏及免疫反應等各種生理現象有所關聯，甚至連肥胖都與腸道菌有關係^{1, 2}；因此，不難想像為何有人會想到要利用移植糞便細菌去治療和以上生理反應有關的疾病。然而這個想法並不是近幾年才出現的；明朝李時珍所著的《本草綱目》中就曾記載食用糞便治病的方法。此外在其他動物身上也可以發現食用糞便的行為，例如有些動物在出生時其腸道是無菌的，於是牠們會食用母親的糞便以幫助消化吃進自己肚裡的植物。

作者：黃啓銘/有勁基因

　　結束了忙碌的一日，總想藉由一場沐浴洗去白天的疲憊。但你知道嗎？不論如何努力刷洗，在我們身上共生的微生物小夥伴，卻是怎麼洗也洗不掉；它們的數量遠超乎你想像，甚至主宰著你的日常。嬰兒出世來到這花花世界後，便會慢慢建立起自己的微生物菌相。微生物遍布皮膚、鼻腔、口腔、胃腸道、泌尿及生殖道等器官，其中又以口腔與腸道的微生物菌相組成最多元與複雜¹。

AI軟體產品研發困難的解決之道

作者：張凱迪/有勁基因

　　沒有三兩三，怎敢上梁山；AI軟體產品經理除了要有能力對機器學習產品開發專案做出正確評估之外，還得將專案接著應用在實際商業用途上。網路媒體VentureBeat曾調查發現，無法順利推出的機器學習產品比例高達8成7。研發專案的達成率要如何才能提升？若能從以下三個面相做出改變，或可幫你達到目的。

作者：許柏洋/有勁基因

　　新冠肺炎疫情延燒，全球確診人數持續攀升；部分國家在短暫解禁後又出現確診高峰的情形。良好的篩檢機制能及早檢出病毒帶原者、加以隔離並防止疫情擴散；特別是在疫苗及治療藥物尚未完備的情況下，建立迅速且準確的篩檢方式，相形之下更是重要。現今新冠病毒的篩檢方式主要有三類：核酸檢測、抗體檢測、及抗原檢測；其中核酸檢測因為準確度較高及偽陰性情況較低等優點而廣為各國採用。

作者：黃存操/有勁基因

　　「精準醫療」和一般醫療不同之處，在於精準醫療會根據患者的致病基因變異，來決定該施予病人何種治療方式。因此，精準的基因檢測是實施精準治療的必要前提。

作者：鄭翰欽/有勁基因

　　環境中，各種微生物之間的交互作用其實比人們原本想像的更加複雜；不僅如此，和疾病有關的微生物與其宿主之間的交互作用，目前我們所知的，也只是冰山的一角而已。由於很多疾病和微生物關係匪淺，一直以來都有專家學者投入研究；近年來，環境微生物學更是成了顯學。對第一次踏入環境微生物分析這個研究領域的人來說，如何選擇適合的分析策略是個考驗。若因為對不同分析策略的各種限制不了解，以致選了不適當的策略，就可能事倍功半。本文要介紹給大家的是幾個常見策略的原理與用途，作為大家選擇方案時的判斷參考。

作者：何胤嫻/有勁基因

　　「嬰兒猝死症(Sudden infant death syndrome; SIDS)」近年來讓許多父母聞之色變。嬰兒猝死症的定義是：「1歲以下嬰兒突然死亡，在經過完整病理解剖並解析死亡過程、檢視過臨床病史等詳細調查後仍無法找出死因才能以此症判定」¹。嬰兒猝死症在2019年衛福部公布的嬰兒死亡原因中位居第七名，在女嬰死亡原因排名更高居第五²。造成嬰兒猝死的確切原因不明，推測可能與遺傳體質、潛在疾病、以及環境因子等多重因素有關。

AI軟體產品研發的注意事項

作者：張凱迪/有勁基因

　　如果你是一個軟體產品經理，而你的部門正打算要開發人工智慧(AI)或是機器學習(ML)相關的軟體產品；那麼，身為產品經理的你就需要想辦法整合來自設計端、研發端、與執行端等各方的大小事。有別於產品經理自身在設計、評估市場需求、以及產品釋出方面的工作，AI相關領域的專案涵蓋了更多方位的挑戰；例如：未知結果或非固定結果 (non-deterministic)的設計輸出、新的服務基礎建設、新的處理流程、新的第三方工具整合等等。產品經理若能習得以上這些知識技術，就能利用導入AI來開發出更多具獨特性且價值更高的產品。

作者：劉祥欽/有勁基因

【DNA電泳染劑的種類及其原理】

　　DNA電泳是分子生物學實驗的基礎之一，其原理是利用電流將放進電泳槽中的混合DNA片段依分子量大小一一分開。我們一般會將電流導入電極兩端的TAE或TBE緩衝液中，DNA分子因為磷酸根帶負電之故，因此會在瓊脂糖凝膠(Agarose gel)的多孔隙膠體內順著電流朝向正電極的方向泳去，DNA片段的分子量越大，在膠體孔隙中泳動的速率就越慢，於是便可將混合的DNA片段按照分子量大小不同，一一分開。

作者：陳怡婷/有勁基因

　　「免疫調節好，過敏沒煩惱」，斗大的廣告詞說動媽媽砸重金買下益生菌產品，想要治好寶貝過敏兒。問題是，廣告上說的是真的嗎？服用益生菌真能改變腸道菌相、緩解過敏嗎？

作者：黃啓銘/有勁基因

　　心肌梗塞(MI; Myocardial infarction)是急性嚴重且致命的一種心臟疾病，其臨床診斷除了會監測心電圖的ST波段是否上升外，也會抽血檢驗心肌旋轉蛋白的含量¹。此外，近幾年有研究指出，血漿游離DNA(cfDNA; cell free DNA)濃度也可用來作為心肌梗塞的快速輔助診斷指標²。

作者：金漢強/有勁基因

　　自2020年初，新冠病毒(SARS-CoV-2)成了家喻戶曉的新聞頭條。看著全世界確診人數不斷攀升，許多生物技術的名詞也開始變成熱門關鍵字。每天下午防疫指揮中心的「確診數」也成了大家心頭的神秘數字。 但到底確診檢測是什麼？怎麼來的？確診檢測的侷限又是什麼？我們現在就一起來了解一下這幾個議題。