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在做Metagenomics分析時,大家很容易遇到的問題,便是專門資料庫的不足以及想要跟過去的研究比較時的困難性。在這裡我們介紹給大家一個Metagenomics資料庫 EBI Metagenomics (EMG) (Figure 1)

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Figure 1. EBI Metagenomics website

EMG和歐洲核酸資料庫(European Nucleotide Archive, ENA)都是屬於歐洲生物資訊研究所(European Bioinformatics Institute, EBI)下的資料庫。EMG採用了和ENA一樣的數據提交(data submission)的基礎與介面,讓使用者更容易上傳,可接受的定序平台包含Roche 454Ion TorrentIlluminaOxford Nanopore,且所上傳之資料也可以和ENA原有的資料互通,提升了資料挖掘(data mining)的可行性。並且EMG開發了一套自有的metagenomics分析流程,所有上傳至EMG的資料,都可套用這個流程分析,使得不同的研究計畫甚至是不同資料格式(e.g. metagenomic versus metatranscriptomic)的結果,均可以互相比較。若使用者想比較自己的資料以及過去其他上傳者公開的資料,也可藉由這套固定的分析流程,得到比較分析後的結果。

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DNA 的甲基化現象研究一直以來是個熱門的話題,脊椎動物最常發生在CpGCytosine的五號碳上,植物或是哺乳類動物幹細胞上則常見發生在 CHGCHH上。當甲基化的位置在promoter上時,通常會 down-regulate 下游基因表現,這種基因調控的功能,與多種細胞分化、抗腫瘤基因、生長發育等等相關。

近年來使用次世代定序儀技術發展了數種研究DNA 的甲基化現象的方式,分別是使用 Bisulphite conversion 特性進行全基因體定序的 whole-genome bisulphite sequencing (WG-BS)、使用 probe 附加 target enrichmentbisulphite sequencing (Targeted-BS)、使用抗體針對甲基化區域做免疫沉降的 methyled DNA immunoprecipitation sequencing (MeDIP-seq)及將 Bisulphite conversion 特性與抗體做免疫沉降混合的 methyled DNA immunoprecipitation bisulphfite sequencing (MeDIP-BS) (圖一)

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圖一、四種在次世代定序儀上研究 DNA甲基化現象的實驗流程。

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