map_20141103  

  Address: 238 新北市樹林區復興路376-5號 (瀏覽照片公司內部實景)

TEL: (02)2675-8068  

FAX: 2675-1657

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

作者:郭任超/ 有勁生物科技

 

隨著科技的進步與雲端數據應用的普及,未來在這個領域,如同英文溝通能力於商務領域那樣,具備基礎的程式撰寫能力也將會是必備的基本技能。學習程式編碼(coding)也是一種訓練利用邏輯進行思考及解決問題的方法。透過良好程式撰寫習慣的養成,不但可大大提高工作效率,也可減少不必要的失誤。

 

, , , ,

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

作者:陳正鑫/ 有勁生物科技

 

小孩的成長教養是每位父母都很關心的議題,近來發現,小孩的認知與心智發育與懷孕期的母嬰生物環境以及後天社經教養環境息息相關。

 

,

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

 

 作者:陳崇斌/ 有勁生物科技

 

     根據GenomeWeb與BBC的報導,2016年11月,英國政府做出一個前瞻性的決議,將非侵入性產前檢查 (NIPT)納入常規的產前檢查中,其檢測範圍包含T13、T18、T21,規劃在3年內全面推廣NIPT,並納入到英國國家衛生服務 (NHS)的體系中。

 

, ,

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

作者:徐于晴/有勁生物科技

 

物種繁衍的過程當中,個體之間都會有所差異,這些差異從微觀的角度來看,就是每個個體的DNA序列會有不同,反映在外觀上,就是每個個體性狀的不同。這些性狀的差異,或多或少都會影響到個體適應環境的生存能力,若是在遇到環境有大變動時,原本在族群中較為罕見的性狀,有可能會因為較能適應變動後的環境而被篩選出來,導致這個性狀在族群中變得相當普遍,這就是所謂的天擇。

 

, , , ,

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

作者:林志鵬/有勁生物科技

 

有勁生物科技股份有限公司 (Yourgene Bioscience),成立於2010年,是台灣一間同時擁有國際認證的基因體核心實驗室與專業生物資訊部門的生技公司。本公司擁有Illumina 及 Ion Torrent 兩大定序平台與相關定序設施,且基因體核心實驗室的定序技術更是獲得Illumina Certified Service Provider與Ion AmpliSeq™ Exome Certified Service之認證,更在2016年底以股權交換和現金,合計720萬英鎊(約合新台幣2.7億元)被英國上市公司Premaitha Health收購。此外,實驗室也獲得了ISO 17025 認證並參加CAP舉辦的能力試驗,擁有最可靠與最標準化之操作定序技術。

20170215.png

, , , , , , , , ,

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

作者:陳正鑫/有勁生物科技

 

NIPT是一種以非侵入的方式檢測孕婦血液中的游離DNA,該DNA的來源主要為媽媽本身,但亦有胎兒在發育中進行細胞凋亡所殘留的DNA。胎兒DNA占全部游離DNA的比例是左右NIPT準確率以及可信度的關鍵,一般認為,當胎兒比例低於4%時,因為僅能偵測到有限的胎兒DNA數量,將會導致NIPT出現偽陰性的結果,所以將胎兒DNA比例做為NIPT的品質管理條件是很重要的,至今,有許多實驗室運用不同的生物資訊手段發展出許多推估胎兒DNA比例的計算方法。

 

, ,

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

作者:劉祥欽/有勁生物科技

血液中會有一些大小在150~200 bp左右,被稱為cell-free DNA (cfDNA) 的小片段游離DNA,它們是來自於細胞凋亡的過程中尚未被完全降解的殘餘DNA。當身體中有癌症組織不斷增長時,部分癌細胞也會因為免疫系統的對抗而凋亡,進而釋放出一些游離的DNA到血液中 (circulating tumor DNA, ctDNA)組織的癌化常常是因為不斷累積的基因突變所造成的不可逆反應,如果可以辨識出這些可能導致癌化的突變點位,那我們就有機會提早發現癌症與監測治療的效果。

現在,次世代定序 (next generation sequencing, NGS) 為此提供了可能的解方。從大量的cfDNA序列資料中,我們可以從中提取出含有突變點位的序列,但是因為在癌症病程的早期ctDNA所佔的比例通常很低,因此能正確檢測到含量多低的ctDNA會是檢測能否成功的關鍵所在。一般來說,要定出佔2.5%的ctDNA會需要1000倍以上的定序深度。要在特定區域達到這樣的定序深度,可使用hybridization capture或PCR放大的方式來完成。因為有只須少量DNA及實驗流程相對簡單的好處,PCR放大的方法是較被偏好的一種方式。然而在放大過程中,無可避免的會產生一些PCR造成的錯誤 (每個base因為PCR polymerase所造成的錯誤率大約10-6),此外,定序時所導入的錯誤率更高,例如Illumina MiSeq系統會有每個base約0.01到0.1的錯誤機率。低佔比加上高錯誤率大幅提高了辨識變異ctDNA的難度。

為了解決這樣的問題,每一條DNA在被放大之前就要加上一段可供辨識與複製,被稱為分子條碼 (molecular barcode)的獨特序列,如此, 因為PCR或定序而產生的錯誤就可以被辨識與排除,而計算分子條碼的數量亦可估計出偏差較少的變異ctDNA比例。目前,市面上已經有一些可以用來製備定序用DNA文庫 (library) 的產品,但導入分子條碼的產品屈指可數,其中,QIAGEN的QIAseq™ targeted DNA panel是一個可使用在Ion Torrent或Illumina這兩個主流系統的產品。它在製備library時,會先將帶有分子條碼的adapter接上任意cfDNA的5’端位置,如此每一條cfDNA皆會有自己的一組分子條碼,附帶一提,這個分子條碼由12個任意鹼基對組成,因此可標記412 (16,777,216) 條cfDNA。接好後,再用設計好針對欲定序區域特定序列的引子與針對adapter上固定序列的引子用PCR放大,最後,再用一組universal primer導入sample index及進一步放大以供定序 (https://goo.gl/771N8Z, 圖一)。

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

近年來,NIPT非侵入性產前染色體檢在臨床上已被大量的應用,因不需做羊膜穿刺,且僅須懷孕十週以上即可檢測,又加上NIPT具有高度正確性99%以上,因此讓許多孕婦多了一個可以更安心的選擇。不過,國際上對於NIPT的定位仍然屬於篩選性質,而非作為診斷的唯一依據,目的在於篩選出較有可能懷有染色體套數異常胎兒的孕婦,並即早讓醫師判斷是否需要進行進一步侵入性檢查及安排後續的醫療計畫。

當NIPT結果是檢出或高度風險時,就代表胎兒一定是染色體套數異常嗎? 答案是否定的。如果以PPV1 (定義如下圖一)表示檢出或高度風險結果的正確性,依照研究2,3,4,NIPT的PPV最低40%到最高80%,代表針對被NIPT認定為positive的群組中,並非一定都是懷有染色體異常之胎兒。

圖一

170207_1.png

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

ENCODE是美國NHGRI (National Human Genome Research Institute)在2003所開始的一個計畫,目的是希望能註解人類基因體上的功能,包含去註解基因、RNA、轉錄調節相關的區域  (transcriptional regulatory regions)、染色質狀態(chromatin state)、DNA甲基化 (DNA methylation)等項目。下圖是ENCODE所想要註解的目標及其相對應的研究方法統整:

170202_1.png

ENCODE在推行上分為兩大階段:

  1. Pilot project phase (2003-2007): 此階段以建立與測試實驗和分析流程為主,主要針對200筆資料中,分散於各處且總長約30Mb的人類基因體區域 (大約人類基因體的1%)來做分析。
  2. Production phase (2007-現在): 此階段使用前一階段所建立的實驗和分析流程,將分析目標拓展到整個人類基因體。

除了人類基因體的註解之外,ENCODE所建立的實驗及分析流程也被其他計畫用來註解其他種生物的基因體,像是老鼠、果蠅、線蟲等模式生物,其相關的計畫有:

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

 

近日常常能感受到空氣品質的惡化,目前全世界最嚴重的空氣污染物質,就是「細懸浮微粒」particulate matter (PM)。這些懸浮粒子的直徑越小,對人體的健康危害就越大。當粒徑小於2.5x10-6公尺,或2.5微米 (2.5μM),就稱為細懸浮微粒(英文簡寫為PM2.5)。

     PM2.5成分很複雜,主要是取決於其來源。主要的來源是從地表揚起的塵土,含有氧化物礦物和其他成分。而這些氣體汙染物往往是人類各種重工業燃燒的石化原料 (煤、石油等)和垃圾燃燒造成的。沒有先進廢氣處理裝置的柴油汽車也是PM2.5的來源。

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()

您尚未登入,將以訪客身份留言。亦可以上方服務帳號登入留言

請輸入暱稱 ( 最多顯示 6 個中文字元 )

請輸入標題 ( 最多顯示 9 個中文字元 )

請輸入內容 ( 最多 140 個中文字元 )

請輸入左方認證碼:

看不懂,換張圖

請輸入驗證碼