除了透過Gene Ontology和KEGG pathway來註解蛋白質功能，也可以將蛋白質序列註解蛋白質結構域(protein domain)，推測具有生物功能的序列。
InterPro是一個整合多個蛋白質功能註解的資料庫,透過蛋白質或是核酸序列，此工具由EMBL-EBI提供線上服務(http://www.ebi.ac.uk/interpro/)，InterProScan可以註解其蛋白質功能，包含Domain, 2nd structure, GO terms, pathway...
只需要輸入蛋白質序列，就可以預期蛋白質功能，這對於非生物資訊人員而言，算是個簡單的分析方法。
在EMBL-EBI的說明文件中，將資料庫依照其特性作了以下分類：
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