有勁的基因資訊

作者：劉祥欽/有勁生物科技

　　臨床樣品如腫瘤組織等，常常需要被長期保存，因此多會先用福馬林固定後包埋在石蠟塊中(FFPE; Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded)，然後再切片製作成玻片標本。會如此處理是因為FFPE樣本能長時間維持組織的型態，提供病理觀察與診斷之用。然而，福馬林會讓蛋白質與核酸形成鏈結，破壞核酸原本的結構；幸好之後若有經過特殊提取與恢復的處理步驟，仍然能從樣本中取回可用的核酸。

　　由於FFPE樣本能長時間保存取自不同時期、不同狀態下的病源細胞組織，從這樣的樣本中所取回的可用核酸，研究者便可利用來追蹤該檢體標本在取得當下所表現的基因狀況以及所帶有的基因序列變異。FFPE樣本因此也可算是個寶貴的基因資料庫。只不過，FFPE樣本中的核酸品質會隨著儲存時間拉長而不斷劣化；如果能知道儲存時間與核酸品質變化的相對關係，以及什麼樣的儲存環境可以提高保存效果，降低劣化的程度，對研究者來說絕對會很有幫助。

　　PLoS ONE期刊最近有一篇文章就在探討不同溫控環境下，石蠟包埋組織的核酸品質變化，內容也討論了從FFPE樣品萃取回來的核酸的監測數據¹。這個研究在RNA品質變化部分的結論是：FFPE樣品如果是儲存在常溫下，樣品的RNA品質會隨著儲存時間的拉長而不斷降低，到了第七年，RNA的長度已經降解到比200 bp還短的程度。相對地，儲存在4°C的樣品，其RNA品質在七年之後仍與最初無異。至於DNA的品質變化，常溫儲存九年後，DNA片段已經降解到僅剩1,000 bp左右；而儲存於-20°C及4°C的樣品，其DNA則都還保有4,000~5,000 bp的平均長度。

　　以上的數據顯示，FFPE樣品如果在常溫下儲存超過六年，進行基因分析時，就應特別注意因樣品品質劣化所帶來的偏誤。此外，即便FFPE樣品已由福馬林固定，最好還是要儲存在低溫環境下，才能長時間維持核酸品質的穩定。

參考文獻

1. Groelz, D., Viertler, C., Pabst, D., Dettmann, N. & Zatloukal, K. (2018 Sep). Impact of storage conditions on the quality of nucleic acids in paraffin embedded tissues. PLoS ONE. 13(9):e0203608. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0203608