Next Generation Sequencing 這個名稱是相較於傳統定序技術而言。

傳統的定序技術包括:

  • Chemical Sequencing
  • Sanger Sequencing

 

一般見到「傳統定序技術」大部份是指 Sanger 的定序方法。

NGS 技術相較於傳統定序技術,其主要之優點在於低錯誤率與高輸出量-能產生很多的序列片段,以 solexa 而言,利用 Hiseq 2000 機型跑一個run,即可產生 150~200Gb 的資料量。

 

目前的 Next Generation Sequencing 技術包括:

 

454

Solexa

SOLiD

Company

Roche

Illumina

ABI

Sequencing Method

Pyrosequencing

Reversible Terminator

Supported Oligo Ligation

Read Length

300~400 base

150~2×150 base

50 base

Error Rate

~1%

>1%

~0.1%

Data/Run (Gb)

0.1

1~3

2~3

Time/Run

7.5 hrs

3~5 days

Up to 8 days

PCR

Emulsion PCR

Bridge PCR

Emulsion PCR

*主要參考資料: Robert A. Holt and Steven J.M. Jones. 2008. The new paradigm of flow cell sequencing .Genome Research 10.1101/gr.073262.107

*註: read length為理論值,一般而言, read length 越長,其 3'  端的品質會越差,所以,未必越長越好,仍需依經驗設定適當之長度,以得到最佳之結果。

 

雖然前幾年有人宣稱將量產所謂的第三代定序技術,但一直以來只聞樓梯響,不見人下來,所以不在此多做討論。

在2010年刊登於 Genome Research的“Next-generation sequencing identifies the natural killer cell microRNA transcriptome” 論文,即比較了 solexa、SOLiD、microarray 與 qRT-PCR 的結果。

 

新圖片 (6).bmp   

*資料來源: Todd A. Fehniger et al. 2010. Next-generation sequencing identifies the natural killer cell microRNA transcriptome. Genome Research 10.1101/gr.107995.110

 

其結果發現,在mature miR-223的表現量,illumina(solexa)與microarray、qRT-PCR 較為一致。

另外,同樣在2010發表,刊登在 BMC biotechnology 的“Sequencing bias: comparison of different protocols of MicroRNA library construction” 論文,則比較了採用 SOLiD 與 solexa 的 miRNA library preparation portocol 之定序結果。

新圖片 (7).bmp  

*資料來源: Geng Tian et al. 2010. Sequencing bias: comparison of different protocols of MicroRNA library construction. BMC Biotechnology  10:64.

其結果亦顯示 SOLiD 之誤判率高於 illumina。

 

 

 

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YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(3) 人氣()


留言列表 (3)

發表留言
  • CODE2501
  • 樓梯響,人來了........
    Life "ion torrent" 半導體定序
    Oxford "GridION; MinIon" 奈米微孔定序
    定序的速度用"小時"計算而非"天"
  • biker0710
  • 請問一下板大,在NGS技術sequence完以後得到的read要進行組裝,如果我們要看土壤樣本中的菌相分析,以16S rDNA作為分類標準,我們要如何確認在高保留性的序列上,來自A菌的序列不會跟B菌的序列接在一起,導致最後的組裝結果是錯誤的。謝謝
  • 您好,你所提到的狀況也是16S rDNA分析常遇到的問題,即為chimeric sequences。
    目前有許多分析工具都嘗試去除定序資料中的chimeric sequences,常見的工具有ChimeraSlayer和USEARCH。

    YourGene 於 2014/11/27 15:02 回覆

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