Optical mapping 是利用限制酶去裁切單分子DNA,產生單分子DNA圖譜,然後將許多單分子DNA圖譜組裝起來,以得到全基因體圖譜的一種技術。

其實驗步驟如下:

一、以PDMS組成的微流道,利用毛細現象的原理,將DNA拉直,由於微流道下方的玻片為帶有正電之玻片,利用DNA帶負電的特性,將DNA固定在特殊玻片上(正負電相吸),此時,我們會得到一條筆直的單分子DNA。

img1.jpg  

圖一 此為筆直的單分子DNA

二、然後利用適當的限制酶去裁切單分子DNA,得到單分子DNA圖譜。

img2.jpg  

圖二 此為被裁切的單分子DNA,白色部分即為被裁切的地方

三、接下來,我們可以利用許多單分子DNA依據圖譜大小進行組裝。

 

img3.jpg

圖三 兩條單分子DNA組裝的示意圖

四、最後即可得到全基體圖譜。

 

img4.jpg

圖四 依據組裝後的圖譜,得到上方黑白的基因體圖譜

 

實際上在Optical mapping中,該系統會將單分子DNA圖譜依大小不同予以著色,下圖就是在Optical mapping中全基因體圖譜的圖形,上方黑白部分為組裝後的全基因體圖譜,下方彩色部份為單分子DNA圖譜組裝的情形。

opticalmapping5.jpg  

圖五 Optical mapping 組裝後實際產生的圖譜

 

F4.large 

圖六 Optical mapping 在細菌基因體上組裝後的結果

 

 

 

 

logo yourgene    

創作者介紹

有勁的生技資訊

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(1) 人氣()


留言列表 (1)

發表留言
  • 瓜哥
  • 很清楚的介紹~~
找更多相關文章與討論

您尚未登入,將以訪客身份留言。亦可以上方服務帳號登入留言

請輸入暱稱 ( 最多顯示 6 個中文字元 )

請輸入標題 ( 最多顯示 9 個中文字元 )

請輸入內容 ( 最多 140 個中文字元 )

請輸入左方認證碼:

看不懂,換張圖

請輸入驗證碼