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Optical mapping 是利用限制酶去裁切單分子DNA，產生單分子DNA圖譜，然後將許多單分子DNA圖譜組裝起來，以得到全基因體圖譜的一種技術。

其實驗步驟如下:

一、以PDMS組成的微流道，利用毛細現象的原理，將DNA拉直，由於微流道下方的玻片為帶有正電之玻片，利用DNA帶負電的特性，將DNA固定在特殊玻片上(正負電相吸)，此時，我們會得到一條筆直的單分子DNA。

圖一 此為筆直的單分子DNA

二、然後利用適當的限制酶去裁切單分子DNA，得到單分子DNA圖譜。

圖二 此為被裁切的單分子DNA，白色部分即為被裁切的地方

三、接下來，我們可以利用許多單分子DNA依據圖譜大小進行組裝。

圖三 兩條單分子DNA組裝的示意圖

四、最後即可得到全基體圖譜。

圖四 依據組裝後的圖譜，得到上方黑白的基因體圖譜

實際上在Optical mapping中，該系統會將單分子DNA圖譜依大小不同予以著色，下圖就是在Optical mapping中全基因體圖譜的圖形，上方黑白部分為組裝後的全基因體圖譜，下方彩色部份為單分子DNA圖譜組裝的情形。

圖五 Optical mapping 組裝後實際產生的圖譜

圖六 Optical mapping 在細菌基因體上組裝後的結果