菌株分型(strain typing)是分析菌株差異性常用的方法。

過去常用的方法是 PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis)，但是PFGE的缺點是

  1. 只提供少量的資訊
  2. 對於相近菌種的區別性不佳

使用 optical mapping 的話，即便是相近的菌株，我們仍能有效地加以區分，另外，除了分型之外，我們還能利用全基因體的比較而得知不同菌株間 insertion、deletion與基因轉置等等現象。

下圖即為 optical mapping 分析 strain typing 的結果，圖中兩菌株間的線條所標示之處即為菌株間相異之處。

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