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相較於傳統的microarray方法，RNA sequencing究竟有著什麼樣的優點，讓我們必須讓我們從microarray轉換到RNA sequencing呢?

RNA seq 不需預先知道genome sequence，但Microarray 需預先知道genome sequence才能進行。因此，即便是尚未完全解序完成的物種，RNA seq仍能偵測其RNA的表現量。

RNA seq 能偵測到所有表現的基因，就算是尚未被發現的基因，仍能偵測其表現量，故能發現到新的基因; 但microarray對於基因的表現則受限於探針(probe)的設計，對沒被設計到探針(probe)的基因，就沒辦法偵測到其表現量，所以不具發現新基因的能力。

RNA seq 偵測基因表現量的靈敏度與解析度較傳統microarray高，其能偵測RNA表現量的動態範圍較microarray高出80倍以上。

RNA seq 不只能知道RNA的表現量，同時能偵測SNP、INDEL與alternative splicing form。

RNA seq能偵測到整個基因的表現狀況，若RNA受到miRNA或其他後轉錄調控機制的影響，RNA seq均能忠實反映這些狀況; microarray僅能就RNA與探針(probe)雜交之序列處進行偵測，即便基因的RNA在中間被降解了，在mricroarray仍會被判讀為該基因有表現，誤判基因的表現狀況。

假如基因在與probe配對處的序列發生變異，即便基因有表現，也會因序列沒辦法雜交(hybridize)，而無法偵測到基因的表現，但是RNA seq卻不會受這樣的變異的影響，仍能正確偵測基因的表現量。