Illumina (Genome Analyzer)與Roche (454)皆是次世代定序儀(Next Generation Sequening , NGS ),兩者的基本原理離不開sanger的鏈終止定序法(chain termintin),但是卻有不同的定序原理。

 

 

 

I. Illumina (Genome Analyzer)

 

(A)將待測DNA打斷成300-500bp片段,並於兩端接上adapter。

 

(B)  將以接上adapter的片段,loding到表面帶有互補adapter序列的晶片(flow cell)上。

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*資料來源:Mardis ER. Next-generation DNA sequencing methods. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2008;9:387-402.

 

(C)透過橋式聚合酶鏈鎖反應進行增幅

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*資料來源:Mardis ER. Next-generation DNA sequencing methods. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2008;9:387-402.

(D)loding不同鹼基且標記特定可移除螢光分子的dNTP與反應試劑,重覆進行螢   光標記移除與偵測,以達到快速且大量的定序結果。

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*資料來源:Mardis ER. Next-generation DNA sequencing methods. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2008;9:387-402

 

II. Roche (454)

(A)將待測DNA打斷成300-800,並於兩端接上adapter。

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(B)將以接上adapter的片段,加入表面帶有互補adapter序列的微磁珠上,並透過  乳液聚合酶鏈鎖反應(emulsion PCR)進行增幅。

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(C)將表面帶有大量DNA增幅產物的微磁珠置入微孔盤中,再放入帶有四個不同   basedNTP,利用聚合酶進行接合同時釋放出焦磷酸根離(pyrophosphate)  藉由ATP 硫酸化酶(ATP sulfurylase)轉換產生ATP,由冷光酶(Luciferase) 接收ATP 提供的能量,產生等比例之可見光,因此可透過光感測器測得訊號,經過反覆的步驟與偵測,快速讀取大量之定序結果。

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YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(1) 人氣()


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  • Yan yan
  • 請問adapter是為了接上磁珠上用的嗎?是什麼組成的呢?
    然後放入4種dNTP是同時放入孔盤內還是一種一種加呢?
    之後偵測是會放出不同波長可見光嗎?
    不好意思 ,這是不懂的地方 懇請指教。
  • Yan yan你好,你所提到的問題是關於454定序。
    454定序技術是2005年美國公司推出的DNA定序儀器。 運作原理如下,首先將欲定序的DNA片段打成約300~800bp的小片段,並於兩端接上轉接序列,接著,加入大小約28μm表面帶有互補轉接序列的微磁珠,並利用聚合?連鎖反應進行增幅,每一個片段將被增幅約一百萬倍。再將此表面帶有DNA增幅產物的微磁珠,放入具有可感光偵測的微孔盤中,一孔一磁珠。最後再進行焦磷酸定序法反覆的試劑置換與偵測,快速地讀取大量之定序結果,最後輔以資訊軟體系統,分析配對出完整之核酸序列。

    更多資訊請參考以下資料:
    http://www.nature.com/nrg/journal/v7/n8/execsumm/nrg1901.html

    YourGene 於 2014/03/18 15:23 回覆