ChIP-sequencing是研究蛋白質與DNA互動的一種方法,是利用抗體與抗原結合的特性,將蛋白質與互動的DNA抓下,再透過DNA純化的方法,取得與蛋白質互動的DNA,然後透過次世代定序的技術來得到該DNA正確的序列。

 

其實驗流程為: 進行免疫沉澱,加入對目標蛋白質具高專一性與靈敏性的抗體,抓下蛋白質與其所附著的DNA,透過DNA純化去除蛋白質得到DNA,然後進行定序。

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Nature Reviews Genetics 10, 669-680 (October 2009)

 

一般在做ChIP-sequencing時,除了我們有興趣的sample外,同時還會加上control的sample,經由兩者的比較來得到真正顯著的peak。

 

常見的control有三種:

 

Input DNA: 免疫沈澱前的DNA sample

Mock IP DNA:  利用不含抗體的管柱, 進行沉澱後所獲得的DNA樣品

Nonspecific IP DNA: 免疫沈澱後,加入抗體,該抗體所作用的蛋白質是目前認為不會與DNA產生binding的蛋白質,而得到的DNA sample

 

 

 

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