由於原核生物的 mRNA缺乏poly-A的結構,使得要純化出原核生物的mRNA技術困難度要比真核生物高出許多,目前比較常用的方式是利用hybridization去除rRNA後,再進行RNA的定序,然而,不同的物種去除的效果差異頗大,定序結果中,往往只有大約10-20%的mRNA,其餘大部分為rRNA的序列,圖一為Shaomei He團隊的研究結果,a與b分別來自兩個的環境樣品metatranscriptome的結果,結果可以發現hybridization去除rRNA效果不盡理想,尤其是樣品b,即使利用兩次hybridization,非rRNA的比例也只有11.3%,如何有效降低rRNA比例將是研究員何生物轉錄體的重要課題。

圖一:

新圖片.png 

近年來,Hana Yi研究團隊利用DSN (duplex specific nuclease)來去除library中過多的rRNA序列,發現可以有效提升mRNA的比例到61.1% ,而傳統的hybridization 的方式只有23.3% mRNA(圖二)。

圖二:

新圖片 (1).png  

而且,DSN處理過後,RPKM的結果與未經任何處理的control組,呈現高度的相關性,R2高達0.99以上(圖三),可見DSN處理過後,並不會產生分析基因表現量上的偏頗。DSN是一個研究原核生物轉錄體的利器。

圖三:

新圖片 (2).png  

 

logo_121_55.png

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()