由於原核生物的 mRNA缺乏poly-A的結構，使得要純化出原核生物的mRNA技術困難度要比真核生物高出許多，目前比較常用的方式是利用hybridization去除rRNA後，再進行RNA的定序，然而，不同的物種去除的效果差異頗大，定序結果中，往往只有大約10-20%的mRNA，其餘大部分為rRNA的序列，圖一為Shaomei He團隊的研究結果，a與b分別來自兩個的環境樣品metatranscriptome的結果，結果可以發現hybridization去除rRNA效果不盡理想，尤其是樣品b，即使利用兩次hybridization，非rRNA的比例也只有11.3%，如何有效降低rRNA比例將是研究員何生物轉錄體的重要課題。
圖一:
近年來，Hana Yi研究團隊利用DSN (duplex specific nuclease)來去除library中過多的rRNA序列，發現可以有效提升mRNA的比例到61.1% ，而傳統的hybridization 的方式只有23.3% mRNA(圖二)。
圖二:
而且，DSN處理過後，RPKM的結果與未經任何處理的control組，呈現高度的相關性，R2高達0.99以上(圖三)，可見DSN處理過後，並不會產生分析基因表現量上的偏頗。DSN是一個研究原核生物轉錄體的利器。
圖三:
全站熱搜
留言列表
{{ article.title }}
