對於初學生物資訊的不知道 DNA 序列中的「N」是什麼是很正常的,對於有經驗的人,大多也只知道「N」是代表 A 或 T 或 G 或 C,其實這個符號是來自NC-IUB (Nomenclature Committee of International Union of Biochemistry) 所建議的編號,也稱為 NC-IUB codes 或 IUB codes。
IUB codes可分為兩類,一為 Standard Bases,一為 Mixed Bases (Wobble)。
Standard Bases:
Code | Base | Origin of designation |
G | G | Guanine |
A | A | Adenine |
T | T | Thymine |
C | C | Cytosine |
Mixed Bases (Wobble):
Code | Base | Origin of designation |
B | C, G, or T | not-A, B follows A |
D | A, G, or T | not-C, D follows C |
H | A, C, or T | not-G, H follows G |
V | A, C, or G | not-T (not-U), V follows U |
R | A or G | puRine |
Y | C or T | pYrimidine |
K | G or T | Keto |
M | A or C | aMino |
S | G or C | Strong interaction (3 H bonds) |
W | A or T | Weak interaction(2 H bonds) |
N | Any Base | aNy |
在序列中也許只有「N」常會見到,不過其他的 IUB codes在SNP的分析中可是非常常見的,下次看到 SNP 分析的報告時,就知道這些字母代表什麼了。
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