病毒在生物界扮演著舉足輕重的地位,幾乎所有的生物都能被特定的病毒所感染。而昆蟲同樣對於生物界以及人類非常重要,保護對人類有益的昆蟲,以及研究傳播病害的昆蟲是非常重要的事,例如:保障蜜蜂以及幼蠶的健康、探究疾病媒介昆蟲的帶毒,或是利用病毒製作生物性殺蟲劑等等,都是科學家們努力研究昆蟲病毒的目的。

   在過去,科學家們已花了許多時間研究昆蟲體內所帶的病毒種類,然而,並非所有的病毒都能夠被傳統的實驗技術所偵測到,過去常用在研究昆蟲病毒的技術包括了:直接觀察的TEM、血清學的ELISA、以核酸雜合為主的Southern、Northern blot,也有人直接分析 EST Library 的序列,找出新的病毒,不過這會受限在病毒濃度高的狀況下,後期常見有人使用 Microarray 技術監測如蜜蜂族群的帶毒率,但這項技術受限在只能偵測已知的病毒種類。

   如今,結合上新的次代定序系統,許多在蟲體內的微量病毒都陸續的在過去五年間被檢測到。由於次代定序系統有著快速、相對傳統實驗方式價廉的優點,以及可獲得高通量和正確性高的序列資料,因此即使看不出病徵的染病昆蟲,都能夠被有效的被偵測出微量的帶毒,所以次代定序系統可被用來當作一種監測病毒感染節肢動物們的有利工具。在製備 DNA 或是 RNA 材料時有兩種選擇,可以直接使用所有樣品的核酸製備,或是純化出病毒顆粒後再萃取核酸,後者的好處是可以避免掉寄主核酸的汙染,不僅如此,寄主進食食物上的病毒、還有被導入寄主基因體的病毒基因,都可以避免以減少誤判的可能性。

新圖片 (1).png  

蜂群崩潰症候群 (Colony collapse disorder , CCD),是一種特別的現象,人們不清楚為何豢養的工蜂族群突然大量的消失,可能發生的原因也有很多種。科學家首次使用次代定序系統嘗試找出蜜蜂-Apis mellifera L. CCD 現象發生的原因,比較蟲體內的病毒族群而尋找解答。科學家們收集來自美國、澳洲、中國的CCD蜂群以及非 CCD 蜂群的蜂巢、蜂王漿,當牠們兩組 RNA 使用次代定序系統定序之後,發現 CCD 組 RNA 總共有七種病毒,非 CCD 蜂群只有五種病毒。隨後使用 RT-PCR 以及 Sanger 定序佐證,確定它們確實存在。隨後,連續三年重覆尋找不同 CCD 發生地點的蜂巢,最後發現會造成蜜蜂癱瘓而死亡的病毒— Israeli acute paralysis virus (IAPV),是候選病毒中與 CCD 現象關係最密切的病毒,也因此後續的研究均以這個病毒做為出現 CCD 現象的一個指標。

logo_121_55.png  

創作者介紹

有勁的生技資訊

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(1) 人氣()


留言列表 (1)

發表留言
  • 訪客
  • 請問,假如是未知的病毒,就算定序出來序列,怎麼知道哪些未知序列是病毒的序列呢?要怎麼知道是宿主的序列還是未知病毒的序列呢?

    文章中所提到CCD的文章,請問是哪篇呢?謝謝您~
  • 不同種類的病毒都有一些它獨特的基因或序列,這些基因對於病毒的 life cycle 非常重要, 例如: RNA 病毒常見的 RDRP 的基因等,若出現這些序列很可能是從病毒身上來的,此外, 若宿主的基因體序列已被解序, 或者宿主的相近物種有被解序,
    也可以經由序列比對後, 得知這段序列是否為宿主的,不過, 在宿主的基因體完全未知下, 出現完全未知的序列時,的確無法明確的判斷是來自病毒或宿主,這時候只能藉由判斷這段序列的 GC content, ORF 的codon usage 來判斷,比較可能是來自宿主還是病毒,

    另外,該文章中提到的CCD,主要是來自此 review: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3205385/?tool=pubmed

    YourGene 於 2011/12/29 18:38 回覆

您尚未登入,將以訪客身份留言。亦可以上方服務帳號登入留言

請輸入暱稱 ( 最多顯示 6 個中文字元 )

請輸入標題 ( 最多顯示 9 個中文字元 )

請輸入內容 ( 最多 140 個中文字元 )

請輸入左方認證碼:

看不懂,換張圖

請輸入驗證碼