在原核生物中，mRNA 只佔全部 RNA 的 1-5%，其餘絕大部分是 ribosomal RNA，因此若要定序 mRNA 首先必須先將 mRNA 純化出來，然而，原核生物並不像真核生物 mRNA 具有 poly A 的結構，因此，無法直接利用 oligo T 將 mRNA 純化出來，如果拿 total RNA 進行定序，那麼定序的效率一定會非常差，因為大部分的序列都來自 rRNA；如何提升原核生物 mRNA 的量，已成為 NGS 系統的重要議題，目前，提升原核生物 mRNA 的量，最主要的方式不外乎分為兩大類，第一類是減少 rRNA 的量(下圖 a 與 b )，圖 a 的方式是利用 rRNA 的 probe 將 rRNA 去除，這也是最常用的方式，然而，去除 rRNA 的效率會與 probe 序列的設計與生物物種有關；圖 b 的方式是利用針對 rRNA 作用的酵素將 rRNA 去除，主要是利用原核生物的 mRNA 5’端有三個磷酸，而此酵素無法對三個磷酸的結構作用，因此，能夠有效去除 rRNA。
另外一大類則是將 mRNA 分離純化出來(上圖 c 與 d )，圖 c 的方式是利用 E. coli 的 poly A polymerase 將 mRNA 3’端接上 poly A，再利用 oligo T 將 mRNA 純化出來；圖 d 的方式是利用 Co-IP 的方式針對 RNA binding protein 進行 IP，最後再將 mRNA 純化出來。
以上四種方式是目前比較常見的方式，各有其優缺點，主要還是依不同研究的需求，找出最適當的方式。
reference: http://www.nature.com/nrg/journal/v11/n1/full/nrg2695.html
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