有時候會遇到使用者詢問,為什麼做不同長度的mate-paired 呢? 這是因為contig間的距離不同,為了將這些不同距離的contig 組裝起來,得到更完整的組裝資訊,所以才需要使用不同長度的mate-paired。

以下就用一個簡化的例子來說明不同 mate-paired 在組裝效果上的差異:

假設我們有三個contig,這三個contig在genome上的距離如下:

新圖片 (6) 

假如我們使用的是距離1k的mate-paired,那麼我們可以得到contig 1 和contig 2之間的關係。

新圖片 (7)  

但是contig 2 和 contig 3 呢? 無論是從contig 2 向右連新圖片 (8) 

或是從 contig 3向左連

新圖片 (9)  

我們都無法得到 contig 2 和 contig 3 相對位置的資訊。

 

倘若我們所使用的是距離 4K 的mate-paired 呢?

那我們只能得到 contig 1 與 contig 3相對位置的資訊

新圖片 (10) 

卻缺少了 contig 1 與 contig 2 的資訊。

 

因此,搭配不同長度的 mate-paired,我們才比較容易得到 contig 間較完整的資訊,而得到較好的組裝效果。

 

 
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