GC rich的區域為什麼定序的效果較差 @ 有勁的基因資訊

Mar 16 Fri 2012 23:16
GC rich的區域為什麼定序的效果較差

GC rich的區域不易定序的原因，主要發生於以下兩個階段:

1. PCR 階段

由於GC rich的區域，其氫鍵數較多，穩定性較強，因此在PCR時，GC rich的區域較不易分開，因此不容易被擴增。
此外，即便GC rich的區域在PCR時被分開了，單股的GC rich區域亦容易因為氫鍵，而自行黏合形成二級結構，亦不易被擴增。
若採用PCR free的樣本備製方式，則可能改善此PCR所造成的問題。

2. Fragmentation 階段

在定序前需將DNA 打斷成適當大小的片段才能上機定序，由於GC rich的區域不易被打斷，使得存在GC rich區域的片段過大，不適合上機定序，而在長度篩選(size selection)時被捨棄。

目前，若要解決此問題，透過增加定序量，才能提高獲取這些序列的機會。