GC rich的區域不易定序的原因,主要發生於以下兩個階段:

1.  PCR 階段


由於GC rich的區域,其氫鍵數較多,穩定性較強,因此在PCR時,GC rich的區域較不易分開,因此不容易被擴增。
此外,即便GC rich的區域在PCR時被分開了,單股的GC rich區域亦容易因為氫鍵,而自行黏合形成二級結構,亦不易被擴增。
若採用PCR free的樣本備製方式,則可能改善此PCR所造成的問題。



2. Fragmentation 階段


在定序前需將DNA 打斷成適當大小的片段才能上機定序,由於GC rich的區域不易被打斷,使得存在GC rich區域的片段過大,不適合上機定序,而在長度篩選(size selection)時被捨棄。

 

目前,若要解決此問題,透過增加定序量,才能提高獲取這些序列的機會。

 
logo_121_55.png 

 

創作者介紹

有勁的生技資訊

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()