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當我們進行 miRNA 定序時，有時我們會發現有一些 reads 沒有辦法 map 到 miRBase 中的miRNA 序列，那這些 reads 究竟是什麼呢？

由於在樣本備製時，是以 size selection 來決定要定序的 RNA ，只要 RNA 的size 是落在我們所設定範圍內，都會被定序到，所以這些無法對到miRBase 的RNA ，有可能是其他的 small RNA ，也有可能是 degrade 的 RNA，當然也有可能是 Novel miRNA。

我們該如何判斷得到的 reads 是屬於 Novel miRNA，並知道此 Novel miRNA 的 hairpin 的位置與序列呢？

首先，我們要先有我們所研究之物種的 genome sequence。

接下來，我們將利用 miRNA 形成過程中所具備的一些特性來篩選出可能的 Novel miRNA。

1. 由於 pre-miRNA 會形成 hairpin （stem-loop) 結構，所以我們要找出genome中可能會形成 hairpin 結構的區域。

但是並非所有會形成 hairpin 結構的區域都是 pre-miRNA，因此我們需要利用 miRNA 形成過程的另一個特性來協助我們判斷該區域是否可能是 pre-miRNA。

2. 由於 pre-miRNA 會被 Dicer 裁切，將 loop 與 arms 分開, 所以理論上 map 到會形成 hairpin結構區域的 reads ，應該在stem 與 loop 間會有整齊的裁切點，如果 map 到該區域的 reads ，能在 stem 與 loop 間有整齊的斷點，該區域就可能是 Novel 的 miRNA。

如果存在著雜亂的 reads 橫跨stem 與 loop 間，那麼該區域應該就不是 miRNA 。