當我們進行 miRNA 定序時,有時我們會發現有一些 reads 沒有辦法 map miRBase 中的miRNA 序列,那這些 reads 究竟是什麼呢?

由於在樣本備製時,是以 size selection 來決定要定序的 RNA ,只要 RNA size 是落在我們所設定範圍內,都會被定序到,所以這些無法對到miRBase RNA ,有可能是其他的 small RNA ,也有可能是 degrade RNA,當然也有可能是 Novel miRNA

我們該如何判斷得到的 reads 是屬於 Novel miRNA,並知道此 Novel miRNA hairpin 的位置與序列呢?

首先,我們要先有我們所研究之物種的 genome sequence

新圖片 (8) 

 

接下來,我們將利用 miRNA 形成過程中所具備的一些特性來篩選出可能的 Novel miRNA

  1. 由於 pre-miRNA 會形成 hairpin stem-loop) 結構,所以我們要找出genome中可能會形成 hairpin 結構的區域。

 hairpin  

但是並非所有會形成 hairpin 結構的區域都是 pre-miRNA,因此我們需要利用 miRNA 形成過程的另一個特性來協助我們判斷該區域是否可能是 pre-miRNA

  1. 由於 pre-miRNA 會被 Dicer 裁切,將 loop arms 分開, 所以理論上 map 到會形成 hairpin結構區域的 reads ,應該在stem loop 間會有整齊的裁切點,如果 map 到該區域的 reads ,能在 stem loop 間有整齊的斷點,該區域就可能是 Novel miRNA

miRNA


如果存在著雜亂的 reads 橫跨stem loop 間,那麼該區域應該就不是 miRNA

non_miRNA


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YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(1) 人氣()


留言列表 (1)

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  • WindinCloud
  • 請問一下,您說的這個應該算基礎想法,但想問個深入一點的問題
    如何決定Genome Sequence可能會形成 hairpin 結構的區域?
    這個問題一直困擾我很久。
    不知是否有相對應的想法與看法呢?
    感謝!
  • Hi WindinCloud,
    可利用計算 free energy 來預測 RNA 的二級結構,這樣就可以知道該區域是否會形成 hairpin 結構

    YourGene 於 2012/05/17 13:51 回覆

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