新興感染(emerging infection disease)疾病的病原可能來自於:

  1. 尚未偵測到或者未知的病原
  2. 已知的病原但散佈到新的地理位置
  3. 已知病源經過突變感染更強

對於新興感染疾病的預防,其中重要的一部份就是主動尋找偵測可能造成疾病流行的病源。國外學者發現包含蚊子、線蟲等無脊椎動物的small RNA中會帶有遭到感染的病毒序列,且彼此之間有overlap,可組裝出完整病毒序列[1];除此之外有時候甚至可以組出一組以上的病毒,且與已知病毒序列比對發現存在著差異,有new species存在的可能性,因此認為定序其small RNA可做為檢測病源的方法。Maijuan Ma[2]以家蚊為實驗對象分析其small RNA,組裝比對到具有大部分相同序列(80%)的三種病毒,分別為Aedes albopictus parvovirus, Anopheles gambiae densonucleosis virus, Aedes aegypti densovirus strain 0814616,為了確認答案,將組裝好的三種病毒genome作為reference,將reads貼回此三種reference genome上後,map比例最高者為Anopheles gambiae densonucleosis virus(78.5%),且組裝出來的consensus region與最新發表的的同種病毒(Anopheles gambiae)序列有98%的相似度,接著以PCR方式進一步確認,僅有Anopheles gambiae densonucleosis virus得到positive的結果,因此確認感染的病毒是Anopheles gambiae densonucleosis virus。無脊椎動物抵抗病毒感染的機制使得病毒片段出現於small RNA中尚未完全清楚,且coat protein的coverage最高,non-structure protein排行第二[2],此生物現象發生的原因也不清楚,這些問題仍待未來更深入的研究闡明。

 

References:

  1. Wu, Q., et al., Virus discovery by deep sequencing and assembly of virus-derived small silencing RNAs. Proc Natl Acad Sci U S A, 2010. 107(4): p. 1606-11.
  2. Ma, M., et al., Discovery of DNA viruses in wild-caught mosquitoes using small RNA high throughput sequencing. PLoS One, 2011. 6(9): p. e24758.
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