有勁的基因資訊

            隨著現在次世代定序技術越來越進步，定序所需的成本也越來越低，許多研究者也開始紛紛進行許多物種的全基因體定序。當我們得到一個物種的全基因體DNA序列之後，下一步接著要做的便是基因體上的蛋白質coding region的預測。在這邊就來跟大家介紹一個適用於細菌及古生菌的基因預測軟體：Prodigal

            圖一：以Artemis查看在Anaeromyxobacter dehalogenans以Prodigal預測出來的基因（黃色部份）和其他基因預測軟體預測出來的基因（Glimmer：綠色、GeneMark：紅色）位置比較。

表一：取GeneBank中有基因註解資料的七個物種，以GenBank record基因，各基因預測軟體預測出來之基因數量當分子，比較各個軟體over-annotated及less-annotated的程度，可發現Prodigal的表現較其他軟體的表現都較好。

   目前已經有許多研究機構使用Prodigal作為他們的微生物基因體的coding region預測軟體，如DOE Joint Genome Institute。並且在NCBI Prokaryotic Genomes Automatic Annotation Pipeline (PGAAP) 上也使用Prodigal (同時還有Glimmer及GeneMarkHMM)來對其資料庫裡的所有原核基因體及質體做週期性的基因預測，以供使用者下載。因此我們可以相信Prodigal對於基因體coding region的預測準確性是相當高的，可以作為大家除了Glimmer、GeneMark等軟體之外的另一個選擇。

Reference:

Hyatt D, Chen GL, Locascio PF, Land ML, Larimer FW, Hauser LJ. Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification. BMC Bioinformatics. 2010 Mar 8;11(1):119.