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急性骨髓性白血症 Acute myeloid leukemia (AML) 通常是由於體細胞的基因突變所造成,尤其是早期進行造血作用 (hematopoiesis) stem cell myeloid progenitor cell。而 FLT3  這個 receptor的異常在 AML 的形成中扮演著重要腳色,尤其是含有FLT3 ITD的病例在AML 中所佔的比例約有 20-30% 的高比例,其餘則是 point mutation 所造成的基因異常,例如在 D835

FLT3 基因在早期的造血細胞才會有比較高的表現量,它的位置在 13q12.2,含有 24 exon ORF2979 bps。而 FLT3 ITD是在其 juxtamembane domain 的位置有片段大小不一的 insertion (約在 exon 1415 之間) ,長度大約在 15-300不等。FLT3 ITD 會使的FLT3 在沒有 ligand 的情況下持續被活化,讓下游的PI3K RAS pathway 處於一個異常的狀態。FLT3的持續活化會造成細胞增生 (cell proliferation) 以及抑制細胞凋亡 (apoptosis),這也是血癌形成的主因。

 

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能夠確實的偵測到 AML 病人是否擁有 FLT3 ITD 對於診療和預後是很重要的。利用Hiseq 2000 定序已被capture exon 14-15 AML 病人,並且將data PCR 的結果比較。結果發現測試中的51個病人檢體中,發現其中有兩例的檢體,原本以 PCR佐以毛細管電泳檢測出來的結果是 FLT3 ITD negative ,但是以 NGS 檢測出來的結果是相反的。

 

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由於FLT3 ITD中的 insertion 的長短以及片段數量不一, 所以使用各種分析軟體,能夠分析出 FLT3 中的insertion 的效果不佳。唯有 SLOPE 以及 Pindel 這兩種可以使用,其中又以 Pindel 為佳。為了佐證 NGS 的結果較 PCR 更為精確,以 de novo assembly 作為判定標準。

由 Table 2 可以發現,Pindel 以及 de novo assembly 比較之下,只有少數病例在 insertion 上的片段數量以及 insertion 長度不同,其餘的data 幾乎相同。而傳統方法PCR 佐以毛細管電泳則是對於 low positive 的病例無法確實的偵測到,insertion 的長度也比較不精確。 隨著生物醫學的資料庫以 NGS 的普及化,做這樣的檢測可以比傳統方法更為快速便宜精確。

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參考文獻:

Detection of FLT3 Internal Tandem Duplication in Targeted, Short-Read-Length, Next-Generation Sequencing Data. David H. S.,Haley J. A., Christina M.,Jacqueline E. P.,Philippe S.,Todd W. K., Shashikant K.,John D. P.,and Eric J. D. The Journal of molecular Diagnostics 2013, 15: 81-93. 

 

 

 

 

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