癌症在台灣是死亡原因第一位,對於癌症的治療,臨床上仍然無法有效的根除,因此,許多科學家皆積極的參與癌症相關的研究,希望能找出有效的治療方法。了解細胞的致癌機轉,揭開癌細胞全基因體序列,進而了解癌細胞的基因結構是相當重要的。早期以Sanger定序全基因體序列需耗費相當龐大的人力及花費,因此難以對於癌細胞的全基因體定序,直到近幾年,次世代定序技術的成熟,各種癌症的全基因體序列才得以被定序完成,下圖為近年來被完整定序的癌症種類。
新圖片 (5).png 

藉由比較癌細胞與正常體細胞的全基因體序列,可了解癌細胞在全基因體上的變異,進而協助科學家找出致癌的機轉及抑制癌細胞的治療方法,下圖為次世代定序配合生物資訊分析找出癌細胞上基因體變異的情形,其中包含point mutation、insertion and deletion(INDEL)、copy number alterations及translocation,另外,如果有部分片段定序出來的序列與資料庫中病毒或病原菌的序列相同,則可辨別細胞被外來微生物感染之病毒或細菌之種類。
新圖片 (6).png  

TIGS 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

(一)Illumina (Genome
Analyzer)
Sanger sequencing在定序前製作library過程中,是有極大差異的,最明顯的差異莫過於否需經過細菌進行質體複製。

前者(Illumina System就是指NGS)在製作library完全不需經過細菌進行質體複製就能直接進行定序,以減少錯誤發生率(如圖一)





















新圖片.png  

而後者Sanger sequencing則是在製作過程中一定需經過細菌進行質體複製才能進行定序(如圖二)

TIGS 發表在 痞客邦 留言(3) 人氣()

新圖片 (3).png
NGS是目前最新且高通量的定序方法,所謂的NGS是指傳統定序法的改良版,而傳統定序法可以分成兩種來說明之。
 
第一種:Chemical Sequencing
 

TIGS 發表在 痞客邦 留言(9) 人氣()

距今十萬年前,尼安德塔人的足跡曾遍及歐洲, 亞洲西部以及西伯利亞,而約在三萬年前,尼安德塔人族群卻忽然消失殆盡,他們為何消失? 他們與現代人是否血緣關係? 這些謎團一直是人類學家們所好奇的問題。

Svante Paabo團隊從三個尼安德塔人的骨骼中萃取DNA (圖一),利用NGS系統將其基因體進行定序,獲得超過4Gb序列資料,將其序列資料與現代人進行分析比較後發現,亞洲, 歐洲以及巴布亞新幾內亞的現代人有百分1-4%的DNA來自於尼安德塔人,而非洲裔的現代人則沒有此現象;12個非非裔(non-Africans)現代人特有的序列中,就有10個是來自尼安德塔人,這暗示著非非裔(non-Africans)的現代人祖先與尼安德塔人有雜交的現象;然而這樣的結果,與1997年Svante Paabo團隊的分析結果相左,主要是因為當時並沒有進行全基因體的比對,單單比對粒線體上的DNA,而粒線體DNA只占人類基因體的極小部分,因此,無法呈現全貌,沒有證據顯示現代人與尼安德塔人的關係;如今,定序技術的進步,使的尼安德塔人的序列得以被完整解開,進而證實非非裔的現代人皆有尼安德塔人的血統存在,這樣的結果已經改寫了人類的演化史。

新圖片.png  
圖一 三個尼安德塔人的骨骼,是Svante Paabo團隊取樣DNA的來源。

TIGS 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

新圖片 (6).bmp
Next Generation Sequencing 這個名稱是相較於傳統定序技術而言。
傳統的定序技術包括:

Chemical Sequencing

TIGS 發表在 痞客邦 留言(3) 人氣()

« 1 2 3 4 5
Blog Stats
⚠️

成人內容提醒

本部落格內容僅限年滿十八歲者瀏覽。
若您未滿十八歲,請立即離開。

已滿十八歲者,亦請勿將內容提供給未成年人士。