有勁的基因資訊

在進行 de novo sequencing 時，假如我們只利用NGS的資料要將全基因體序列組裝起來，通常要非常高的覆蓋率 (coverage) 才可能將基因體組裝起來，但是，如此高的覆蓋率，不但定序費用相當高，而且面對龐大的資料量，組裝所需的硬體需求將是我們所面臨的第一個難題，組裝所需的漫長運算時間，則是另一個難題，此外，組裝錯誤亦無法被查覺。
利用 Optical mapping 可以更有效率地進行 de novo sequencing ，以更低的成本，更快的速度組完全基因體序列。
首先，我們利用 Optical mapping 建立全基因體的圖譜。

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一般在做全基因體比較時，通常會先得到全基體的序列，然後再比較基因體之間的差異。
但是，當我們還不知道這些基因體是否存在差異前，貿然進行全基因體定序，倘若結果未能如我們預期，定序所花費大量的人力、物力與金錢無異是種浪費。
在定序前，我們可以先以 Optical mapping 來分析我們要比較的基因體:

如果基因體間沒有差異，我們就可以節省時間與金錢，不必再做進一步的定序。
如果基因體間存在差異，再進行定序的工作，如此不但工作較有效果，而且Optical mapping 的結果亦可輔助全基因定序的工作，提升全基因體定序的效率。

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菌株分型(strain typing)是分析菌株差異性常用的方法。
過去常用的方法是 PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis)，但是PFGE的缺點是

只提供少量的資訊
對於相近菌種的區別性不佳

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Optical mapping 是利用限制酶去裁切單分子DNA，產生單分子DNA圖譜，然後將許多單分子DNA圖譜組裝起來，以得到全基因體圖譜的一種技術。
其實驗步驟如下:
一、以PDMS組成的微流道，利用毛細現象的原理，將DNA拉直，由於微流道下方的玻片為帶有正電之玻片，利用DNA帶負電的特性，將DNA固定在特殊玻片上(正負電相吸)，此時，我們會得到一條筆直的單分子DNA。
 

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Next Generation Sequencing 這個名稱是相較於傳統定序技術而言。
傳統的定序技術包括:

Chemical Sequencing

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