- Dec 06 Wed 2017 17:18
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基因型辨識技術及其疾病表現型對應資料庫
- Oct 31 Tue 2017 17:40
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Targeted NGS與傳統癌症診斷技術的比較
- Nov 29 Tue 2016 11:10
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NGS的DNA Methylation研究利器：MeDIP-BS技術
- Jul 26 Tue 2016 14:20
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利用ChIP-BS-seq探討H3K27me3 與癌症發生關係
- May 17 Tue 2016 14:33
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DNA甲基化與老化
有人透過生物電阻分析儀器估算身體年齡，也有人可以透過膚質檢測計了解肌膚的狀態，目的都是要了解老化的情形，並了解自己是否保養得宜，更重要的是從古迄今，人們害怕變老、害怕死亡及好奇壽命的長短。科學家抽絲剝繭深入的探索並揭露生命的秘密，影響老化的機制，可能包括了DNA本身衰老 (senescence)、端粒縮短 (telomere shortening)、基因表現改變等等。基因外修飾被視為影響基因表現的重要角色，基因外修飾的特點是不會改變DNA本身之序列，而是透過DNA甲基化、histone acetylation等方式，去影響基因的表現。
DNA甲基化在基因體上的總量以及在特定的某些位點的變異程度，會隨著生命週期的發展而有所改變。在新生兒血液中，發現DNA甲基化的量低於各個生命期並在出生後的第一年，DNA甲基化才會開始增加。而增加的位置通常發生在CpG island shores and shelves、enhancers、promoters lacking CpG islands。兒童及青少年的相關研究較少，因此DNA甲基化程度，仍不是很清楚。在成人期則在血液及腦部中，發現DNA甲基化快速增加並且穩定下來，且隨著年紀增加，個體差異會越來越大。成人後期，血中DNA甲基化程度會隨著老化的增加而降低，然而，更深入分析時則發現，原先甲基化較低的區域，如與啟動子(promotor)有關的CpG islands，會隨著老化而增加DNA甲基化，相反的，原先有較高甲基化的區域，如intergenic nonisland CpGs 則是傾向失去甲基。
- Mar 31 Tue 2015 14:12
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外顯子定序研究漸凍人之de novo mutation
2014年的6月初，由美國非營利組織 The ALS Association（美國漸凍人協會）發起的「冰桶挑戰」，於社交網路上讓許多知名人士接力響應，為肌萎縮性脊髓側索硬化症（Amyotrophic lateral sclerosis，簡稱ALS）的研究募集到了資金，也讓人們重新認識這種罕見疾病。這種疾病通常被稱作葛雷克氏症(Lou Gehrig’s disease)。目前，美國大約有3萬人患有ALS，在台灣也約有1千多人患有ALS，罹患ALS患者的脊髓、腦幹或大腦運動皮脂的運動神經元會慢慢退化，造成全身肌肉無力、萎縮，最終會導致患者徹底癱瘓，但患者的思維仍會保持敏捷。確診後，患者的壽命通常只有兩到五年。也有少數的病人能存活超過50年，例如世界知名理論物理學家霍金現年已經73歲，但他於21歲時就被診斷罹患了ALS。
ALS的患者可分為家族性遺傳及偶發性的患者，其中有約10%的患者為家族遺傳性ALS患者，已知約有13個基因與基因座發生缺陷的相關效應。(可參考中華民國運動神經元疾病病友協會的介紹)。
- Sep 17 Mon 2012 09:15
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ChIP-Seq常見的問題
何謂ChIP-Seq?
ChIP–seq ( Chromatin immunoprecipitation sequencing )是指染色質免疫沉澱後，所獲得的DNA片段進行高通量定序，並將此片段利用生物資訊的軟體對回至基因體，可以瞭解DNA-binding proteins及histone modifications的狀況，進而得知染色質及相结合的調控因子之間的相互作用關係。
- Aug 24 Fri 2012 10:10
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使用 Optical Mapping 偵測 DNA 甲基化現象
DNA 的甲基化現象 (DNA methylation) 是表觀基因體機制 (epigenetic mechanism) 中的一種，其對於真核生物基因調控而言是非常重要，真核生物基因的 5’ 端，常可見到高密度的雙鹼基 C-G 存在，其被稱為 CpG islands，而其中大約有 2-7％的胞嘧啶 (Cytosine)，藉著 DNA 甲基轉移酶 (DNA methyltransferase) 作用下被甲基化。另外，在原核生物中，DNA 甲基轉移酶主要的功用是用作保護自己 DNA的手段，以避免遭受內生的限制酶剪切，而利用限制酶對付外來侵略性的 DNA，而在真核生物中，也有藉由 DNA 甲基化來避免 retrovirus 表現的防禦機制被報導過，但無論如何，最主要的功能還是在於調控基因表現為主。
- Aug 10 Fri 2012 15:31
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De novo assembly problem. Part II
- Jul 13 Fri 2012 16:08
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De Novo序列組裝的演算法(一)
目前 De Novo 序列組裝演算法有兩種, 一種稱為 overlap-layout-consensus , 簡稱 OLC. 另一種則是 de-bruijn-graph , 簡稱 DBG.
- May 11 Fri 2012 15:10
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De novo assembly problem. Part I
當我們想要研究一個物種，可是卻發現這個物種的序列資料 (DNA or RNA) 並不存在於世界上現有的資料庫。當我們遇到這種情況，便可以利用 NGS 的資料來進行所謂的 de novo assembly，藉此幫助我們獲取此物種的序列內容。而一個常見的 de novo assembly 流程概念如下：
上圖表示將 NGS 的定序資料隨機抽取出兩條 reads (紅色線條)，觀察此 reads 的尾端序列是否相同。如有某區域相同(藍色序列)，則將此區域的序列合併連結起來，最後獲得一條更長的序列。透過這樣不斷的重複尋找，最終我們便可以將 reads 的資料還原回 genome 序列。
上述的過程是一個理想狀態，然而事實上有許多因素會造成我們組裝困難，我們將這些因素條列如後：
- Apr 05 Thu 2012 09:23
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Exome sequencing 診斷罕見疾病的臨床實例
NGS 技術近年來協助科學家解開許多以往醫學上無法破解的謎團，其中包含致病分子機轉、感染性微生物特性及流行病學等，也使得科學家對於醫學的治療及預防提出許多新穎的想法，除此之外，在臨床分子診斷技術上，科學家及醫師皆認為 NGS 技術未來勢必可以成為診斷的利器。然而，NGS技術所提供的資訊，在實際臨床上似乎少有病患直接受惠的案例，直到2011年獲得普立茲獎的一篇文章報導以 Exome sequencing 協助醫師解救一名叫做Nicholas Volker的4歲小孩故事1，並且此案例被發表在 Genetics in Medicine 上2。
Nicholas Volker首先在其肛門附近不明原因地出現許多簍管，使得排泄物不斷湧出，並且出現感染發炎現象，為防止致命性的細菌感染及傷口惡化，醫師對Nicholas Volker做了結腸造口術，期望他的傷口能夠免除自體排泄物的感染，但出乎意料之外的事情發生了，就在結腸造口術的位置出現新的簍管且有嚴重的發炎現象，而這些發炎的區域漸漸地侵襲Nicholas Volker的整個大腸(圖一)，使得醫師不得不切除小孩所有的大腸，然而，不久之後小腸也開始出現簍管及發炎的現象，Nicholas Volker的體力越來越糟，若不快速找出病因，尋求有效的治療方法，生命可能不保。
