Next Generation Sequencing 這個名稱是相較於傳統定序技術而言。
傳統的定序技術包括:
- Chemical Sequencing
- Sanger Sequencing
一般見到「傳統定序技術」大部份是指 Sanger 的定序方法。
NGS 技術相較於傳統定序技術，其主要之優點在於低錯誤率與高輸出量-能產生很多的序列片段，以 solexa 而言，利用 Hiseq 2000 機型跑一個run，即可產生 150~200Gb 的資料量。
目前的 Next Generation Sequencing 技術包括:
|
454 |
Solexa |
SOLiD |
|
|
Company |
Roche |
Illumina |
ABI |
|
Sequencing Method |
Pyrosequencing |
Reversible Terminator |
Supported Oligo Ligation |
|
Read Length |
300~400 base |
150~2×150 base |
50 base |
|
Error Rate |
~1% |
>1% |
~0.1% |
|
Data/Run (Gb) |
0.1 |
1~3 |
2~3 |
|
Time/Run |
7.5 hrs |
3~5 days |
Up to 8 days |
|
PCR |
Emulsion PCR |
Bridge PCR |
Emulsion PCR |
*主要參考資料: Robert A. Holt and Steven J.M. Jones. 2008. The new paradigm of flow cell sequencing .Genome Research 10.1101/gr.073262.107
*註: read length為理論值，一般而言， read length 越長，其 3' 端的品質會越差，所以，未必越長越好，仍需依經驗設定適當之長度，以得到最佳之結果。
雖然前幾年有人宣稱將量產所謂的第三代定序技術，但一直以來只聞樓梯響，不見人下來，所以不在此多做討論。
在2010年刊登於 Genome Research的“Next-generation sequencing identifies the natural killer cell microRNA transcriptome” 論文，即比較了 solexa、SOLiD、microarray 與 qRT-PCR 的結果。
*資料來源: Todd A. Fehniger et al. 2010. Next-generation sequencing identifies the natural killer cell microRNA transcriptome. Genome Research 10.1101/gr.107995.110
其結果發現，在mature miR-223的表現量，illumina(solexa)與microarray、qRT-PCR 較為一致。
另外，同樣在2010發表，刊登在 BMC biotechnology 的“Sequencing bias: comparison of different protocols of MicroRNA library construction” 論文，則比較了採用 SOLiD 與 solexa 的 miRNA library preparation portocol 之定序結果。
*資料來源: Geng Tian et al. 2010. Sequencing bias: comparison of different protocols of MicroRNA library construction. BMC Biotechnology 10:64.
其結果亦顯示 SOLiD 之誤判率高於 illumina。
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