有勁的基因資訊

作者：沈淑華/有勁基因

　　腦膜炎和腦炎是病原體侵犯中樞神經系統而引發的疾病；這類病原體包括細菌(肺炎雙球菌、腦膜炎雙球菌、金黃色葡萄球菌等)、病毒(克沙奇病毒、腸病毒、皰疹病毒及日本腦炎病毒等)、以及其他種類微生物。臨床上可以診斷腦炎或腦膜炎的唯一檢查方法是腰椎穿刺，其作法是將穿刺針戳入脊椎管採集腦脊髓液(CSF)檢體，再送往實驗室檢查是否有發炎現象，然後再由醫師根據患者的病史、臨床表現和影像學檢查結果建議治療方式。由於檢查涉及侵入性過程，所以取自中樞神經系統(CNS)的樣品，其數量和可用性都受到侷限，因此大約有半數的急性腦膜炎及腦炎患者無法確認引發疾病的病原。

　　臨床上常規的微生物學檢測，基於上述原因，很難將侵犯中樞神經系統的所有病原體篩檢出來；但是透過總體基因體定序檢測(Metagenomics Sequencing)技術，只需要單次檢測，就可以從病毒，細菌，真菌和寄生蟲等微生物範疇中分析圈定出可能造成感染的病原體種類。

　　美國一個跨機構的研究¹，從2016年6月1日到2017年7月1日期間，共收集了482名病患的常規臨床檢查和腦脊髓液樣品，其中符合研究規範要求的有214例，而順利獲得病患同意納入研究的只有204例。這204例病患中的103例有診斷出發病原因，其他101例則發病原因不明(如下圖A所示)。103個有找出病因的案例，其中57例的病因是最常見的⼀由病原體感染造成。這57例病患總共出現了58次的神經感染，分別做了不同的檢查，其中26次感染只做過常規測試檢查、13次感染只做了總體基因體定序檢查、19次感染則同時進行過總體基因體定序與常規測試兩種檢查；換句話說，有做過總體基因體定序檢查的共有32例。下圖B與C以只做了總體基因體定序檢查的13個感染病患為例，指出其中有7例的檢查結果可以幫助醫師透過確認病原體種類來建議合適的治療方針，也就是說，這7個病例的總體基因體定序檢查結果具有治療指引的效果。

圖A、204個可用病例的診斷結果

圖片來源：N Engl J Med. 2019 Jun 13;380(24):2327-2340.

　　由以上這個研究可知，總體基因體定序配合腦脊髓液檢測有潛力可發展為腦膜炎/腦炎的臨床診斷方式。這樣的檢測診斷除了可作為指引，幫助醫師針對神經侵襲性疾病提前提出更有效的治療方案之外，還能夠指出新的感染原因及疾病表型，並確認是否為非感染性原因，加快診斷及治療的腳步。但何時可以將總體基因體定序落實到臨床應用，還是需要靠更多的研究驗證才能確定。

參考資料

1. Wilson M.R., et al. Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis. Journal for N Engl J Med. 2019 Jun 13;380(24):2327-2340. Retrieved from https://doi.org/10.1056/NEJMoa1803396