(一)Illumina (Genome Analyzer)與Sanger sequencing在定序前製作library過程中，是有極大差異的，最明顯的差異莫過於否需經過細菌進行質體複製。

前者(Illumina System就是指NGS)在製作library是完全不需經過細菌進行質體複製就能直接進行定序，以減少錯誤發生率(如圖一)。

新圖片.png  

而後者Sanger sequencing則是在製作過程中一定需經過細菌進行質體複製才能進行定序(如圖二)。

新圖片 (1).png  


(二)Illumina (Genome Analyzer)與Sanger sequencing可定序長度及同時能讀出的序列是有明顯落差(如下表)。


Method
 Read length(base pairs)
 Templates per run

Illumine (Genome Analyzer)

約250-300

1條lane約2500萬reads
Sanger sequencing

約900

約96reads



由上表得知，雖然Sanger sequencing一次定序長度相較於Illumina (Genome Analyzer)長，但是總輸出量卻比Illumina (Genome Analyzer)少，原因是因為Illumina (Genome Analyzer)的一片flow cell共有8條lane，而1條lane約可讀出2500萬reads，所總輸出量為2億。


綜合以上所有的原因可以歸納出Illumina (Genome Analyzer)之優勢：

  1. 不需經過細菌進行質體複製，減少錯誤發生率。
  2. 快速且高通量。

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