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在 RNAi 的原理漸漸被了解發現的同時，許多研究病毒的學者很快就嘗試運用這個天然的機制，來控制病毒在寄主體內的複製與發病。由於許多造成嚴重病害的病毒以 RNA 病毒為主，因此在植物病理學上，亦或是醫學上，都曾嘗試過使用 RNAi 的機制，抑制病毒的複製或是表現蛋白。在 Fire 和 Mello 研究中提到過 RNAi 的反應會經由少量的雙股 RNA 觸發，並放大擴散整個效應，而在後續的研究中，逐漸了解這是因為雙股 RNA 被酵素—RNase H剪切成為小分子的 RNA 片段，被稱為“small RNA”。這種小分子的 RNA 的反股會跟細胞內的複合物 RISC（RNA-induced silencing complex）做結合，進而專一性的降解所有與這些小分子 RNA 互補的 mRNA 序列，使寄主達到如同免疫的效果。

    RNAi 應用在醫學領域治療病毒所引起的疾病，首例是用在治療 HIV 所引起的愛滋病，HIV 是一種 RNA 病毒，但是由於病毒都具有高度的突變性，因此使用專一性高的 RNAi 來抑制不斷改變的病毒核酸有些困難，但所幸 HIV 在人體感染的途徑已被研究得非常透徹，因此科學家們改變策略不嘗試抑制病毒本身的複製或是蛋白質表現，而針對病毒辨識人體細胞膜外側的 CD4 和 CCR5 receptor 作抑制，當體細胞膜不再具有可被病毒辨識的 receptor 後，病毒便無法轉移感染健康的體細胞，達到治療的功效。

    當病毒侵入寄主細胞而被辨識產生 RNAi 反應時，small RNA 會在寄主體內經由 RNase H 剪切而大量產生，因此 small RNA 在結構上會特殊地形成 5’ 端的磷酸化以及 3’ 端有一個 OH^- group，長度大約 20 bp 上下。

科學家們為了更加了解 small RNA 能夠調控物種哪些基因，或是抑制哪些外來的核酸危害，如今可採用次世代定序的方式來做研究，專一性地自全轉錄體中分離出 small RNA，而利用酵素剪切後出現在  5’ 端以及 3’ 端的分子，黏合上已知的 RNA 序列，使得所有物種體內的 small RNA 分子都能被我們選殖出來，進而在次世代的定序系統上，以高通量的輸出方式來作分析，比較物種在不同環境或是外在刺激下的基因調控差異，已另一種角度審視基因調控與表現。