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PCR-Free 顧名思義是指不經 PCR 步驟而完成 library construction。

一般來說 library construction 都須經由 PCR 放大再做定序，放大後的 library 會產生幾種情況：

1. 因 primer 與 template 互補配對，造成配對錯誤導致 bias 產生。
2. 濃度過高的 primer 與 DNA template，會形成 dulplicate。
3. Adapter dimer。

而這三種情況都可能會造成日後分析上的難度，因此現在有越來越多人在探討 PCR 所造成問題之影響，例如 Amplification-free Illumina sequencing-library preparation facilitates improved mapping and assembly of GC-biased genomes 這篇 paper主要是在探討 bias 之問題。

在進行PCR的同時並非每一段序列都會均勻被放大，也就是說 PCR 的效率可能是不平均的，因此造成 coverage 分佈不均的情況，進而會影響 genome assembly，尤其是在物種 GC 含量高或低時會更佳明顯。因此做 library construction 可以選擇

PCR-Free，就可提高 read mapping  與 SNP calling  以及 aiding de novo assembly。

下圖是正常 library construction 與 PCR-Free 之間的差異性：