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在 RNAi 的原理漸漸被了解發現的同時，許多研究病毒的學者很快就嘗試運用這個天然的機制，來控制病毒在寄主體內的複製與發病。由於許多造成嚴重病害的病毒以 RNA 病毒為主，因此在植物病理學上，亦或是醫學上，都曾嘗試過使用 RNAi 的機制，抑制病毒的複製或是表現蛋白。在 Fire 和 Mello 研究中提到過 RNAi 的反應會經由少量的雙股 RNA 觸發，並放大擴散整個效應，而在後續的研究中，逐漸了解這是因為雙股 RNA 被酵素—RNase H剪切成為小分子的 RNA 片段，被稱為“small RNA”。這種小分子的 RNA 的反股會跟細胞內的複合物 RISC（RNA-induced silencing complex）做結合，進而專一性的降解所有與這些小分子 RNA 互補的 mRNA 序列，使寄主達到如同免疫的效果。

    RNAi 應用在醫學領域治療病毒所引起的疾病，首例是用在治療 HIV 所引起的愛滋病，HIV 是一種 RNA 病毒，但是由於病毒都具有高度的突變性，因此使用專一性高的 RNAi 來抑制不斷改變的病毒核酸有些困難，但所幸 HIV 在人體感染的途徑已被研究得非常透徹，因此科學家們改變策略不嘗試抑制病毒本身的複製或是蛋白質表現，而針對病毒辨識人體細胞膜外側的 CD4 和 CCR5 receptor 作抑制，當體細胞膜不再具有可被病毒辨識的 receptor 後，病毒便無法轉移感染健康的體細胞，達到治療的功效。

1990 年，一群植物生理科學家— Richard Jorgensen 的實驗團隊，嘗試在矮牽牛 (Petunia) 上增豔花朵顏色，而它們使用的策略是現今發展相當成熟的農桿菌轉殖基因技術以及組織培養技術。chalcone synthase (CHS)，是一種開花植物形成花青素的化學路徑上，決定合成效率的關鍵酵素，當時，Jorgensen 使用高效能之 35S promoter 來大量表現矮牽牛之 CHS 酵素，他期望能產出色澤更為飽滿的美麗矮牽牛，但結果卻令他萬萬想不到。

在 Jorgensen 的研究報告中顯示出，他所得到轉基因矮牽牛，不但花色沒有變深，甚至高達 42％ 的矮牽牛出現白化、白斑、白色嵌紋等性狀，這個結果告訴了他一個事實，植物體內啟動了某一種未知機制，不但抑制了他所轉殖的基因表現，也抑制了自己本身該正常表現的CHS 酵素。在當時，這個現象在植物上被稱為共同抑制（co-suppression）。