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ChIP-sequencing是研究蛋白質與DNA互動的一種方法，是利用抗體與抗原結合的特性，將蛋白質與互動的DNA抓下，再透過DNA純化的方法，取得與蛋白質互動的DNA，然後透過次世代定序的技術來得到該DNA正確的序列。

其實驗流程為: 進行免疫沉澱，加入對目標蛋白質具高專一性與靈敏性的抗體，抓下蛋白質與其所附著的DNA，透過DNA純化去除蛋白質得到DNA，然後進行定序。

Nature Reviews Genetics 10, 669-680 (October 2009)

一般在做ChIP-sequencing時，除了我們有興趣的sample外，同時還會加上control的sample，經由兩者的比較來得到真正顯著的peak。

常見的control有三種:

Input DNA: 免疫沈澱前的DNA sample

Mock IP DNA:  利用不含抗體的管柱, 進行沉澱後所獲得的DNA樣品

Nonspecific IP DNA: 免疫沈澱後，加入抗體，該抗體所作用的蛋白質是目前認為不會與DNA產生binding的蛋白質，而得到的DNA sample。