NGS具有高輸出量的特性，而且不需經過bacterial cloning的過程，這兩種特性使得定序的成本大大得降低，至2010年底，以Illumina系統為例，定序成本，每1bp約只需要花費新台幣0.0002元，遠低於Sanger sequencing成本0.2元/bp。NGS所具有的高輸出量與高解析度特性，使其應用範圍也日趨廣泛，遍及基因體學、生物醫學、環境科學等研究 (上圖)；而利用NGS 系統的研究論文也越來越多 (下圖 橘色線)，數量呈現對數成長，反觀Microarray與QPCR，研究論文的數量已經趨近於飽和 (下圖 藍線與紫線)，而利用Southern與Northern bolt的研究論文數量有下降的趨勢 (下圖 淡紫色線)，這說明著NGS的時代已經到來，NGS技術已成熟且普及化，解決了從前的技術無法解決的難題。
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